E’ scomunicato ed accusato di fellonia dal papa Alessandro VI per avere impugnato le armi contro i re di Francia e di Spagna a favore degli aragonesi di Napoli.

Esce con Paolo Margano da un castello del prefetto di Roma con 500 cavalli e minaccia da vicino il capoluogo: è presto costretto a rifugiarsi nel regno di Napoli.  Si pone agli stipendi degli spagnoli contro i francesi.

Viene inizialmente contattato da Rinieri della Sassetta e da Amico Orsini per combattere i fiorentini alla difesa di Pisa. Accetta, viceversa, di passare al servizio dei primi contro i secondi. Con Luca Savelli cerca di intercettare lo stesso della Sassetta che dalla maremma senese sta puntando su Pisa. A fine mese giunge a Casciano con la sua compagnia. Gli è ordinato di restare preparato nonostante che abbia chiesto per i suoi uomini un riposo di quattro giorni.

Alla guardia di Campiglia Marittima. Allorché viene a conoscenza dell’ avanzata dell’Alviano invia in avanscoperta  25 uomini d’arme, 30 cavalli leggeri ed altrettanti fanti con i quali obbliga gli avversari ad arretrare l’avanguardia nemica. Di seguito alla testa di 60 uomini d’arme si trova al fianco di Ercole Bentivoglio e di Antonio Giacomini nello scontro di Campiglia Marittima in cui viene disfatto l’Alviano. Il suo attacco di cavalleria, portato con Jacopo Savelli, è respinto inizialmente: il tiro di 6 falconetti, predisposto dal Bentivoglio, capovolge in breve l’esito della giornata.

Sposa a Roma Lucrezia Gera della Rovere, nipote del papa Giulio II e sorella di Cecilia (moglie di Gian Giordano Ordini); ottiene in enfiteusi il Palazzo Colonna, costruito dal pontefice quando era cardinale, in piazza Santi Apostoli, il feudo di Frascati, 40000 ducati sul Monte di Pietà di Genova, 10000 ducati depositati presso un banchiere genovese, più altri 4000 ducati in gioielli.

E’ inviato dai fiorentini in soccorso di Giulio II nella sua spedizione contro Giovanni Bentivoglio. Si collega ad Imola con l’esercito pontificio, effettua la mostra dei suoi uomini e punta su Budrio. La vittoria segue in pochi giorni. A fine mese è già segnalato a Piancaldoli nel fiorentino.

Contatta i veneziani per avere una condotta di 200 cavalli leggeri e di 1000 fanti: le trattative non hanno successo per cui si riafferma con i fiorentini. Prende parte all’assedio di Pisa.

Dà il guasto ai raccolti ed invita i pisani alla resa. Con Ludovico Orsini organizza un trattato mediante il quale 12 fanti fiorentini fingono di disertare nel campo nemico. Costoro sono scoperti; 6 sono impiccati, mentre gli altri riescono a fuggire.

Non accetta le proposte di ferma che gli sono proposte dai veneziani (condotta di 150 uomini d’arme e provvigione annua di 12000 ducati).

E’ ancora ricontattato dai veneziani (tramite l’ambasciatore a Roma Girolamo Donato) durante le feste di Carnevale: chiede il capitanato generale al posto dell’ Alviano,  una condotta di 200 uomini d’arme ed uno stipendio di 50000 ducati l’anno, contro un’offerta di 150 uomini d’arme ed uno stipendio annuo di 15000 ducati. Il Colonna non accetta la controfferta che gli viene proposta. A fine mese è segnalato a Nettuno ed a Fondi con Prospero Colonna.

Si trova sempre a Fondi con Prospero Colonna: gli sono offerte dalla Serenissima offerte migliorative, quali una ferma di tre anni e la somma di 2000 ducati per il suo piatto: il papa non gli concede il permesso di accettare tale incarico. Tratta anche con i fiorentini: chiede il titolo di governatore generale, una condotta di 150 uomini d’arme, un piatto di 2000 ducati e tre paghe anticipate. A fine mese mese si trova ad Ostia e da qui ritorna a Fondi. I fiorentini gli rinnovano la condotta; il Colonna, tuttavia, non accetta la proposta preferendo di militare agli stipendi dei pontifici.

A Lucca dove sono consegnate ai suoi uomini tre paghe. Si imbarca sulla flotta veneziana di Girolamo Contarini con 100 uomini d’arme, 100 cavalli leggeri e 500 fanti. Con Ottaviano Fregoso ha il comando dell’attacco contro Genova: ai loro ordini vi sono complessivamente 100 uomini d’arme, 150 cavalli leggeri e 1000 fanti, dei quali una parte è costituita da venturieri.

Le truppe di terra si muovono da Lucca e da Viareggio; il Colonna sbarca a Chiavari con 700 fanti, conquista La Spezia con il castello, attraversa tutta la Riviera di Levante con l’aiuto degli Adorno e si avvia verso la Val di Bisagno con la speranza di un qualche movimento all’interno di Genova ad opera dei partigiani dei Fregoso e degli Adorno. Gli sono consegnati lo stendardo ed il bastone di capitano  generale; legato pontificio è il governatore di Roma Lorenzo Fieschi. In Genova, tuttavia, non nasce alcuna sommossa; il Colonna è così obbligato a ritirarsi a Rapallo. Cerca senza esito di impadronirsi di Portofino; si reimbarca sulle galee veneziane per l’avvicinarsi della flotta francese. Fugge per mare con Giovanni Vitelli e 120/130 cavalli: le altre cavalcature sono vendute a prezzi stracciati o regalate ai fanti per facilitare la loro fuga. Il resto delle truppe ritorna per terra per la via di La Spezia; viene svaligiato dai contadini nel genovese, nel lucchese e nel fiorentino. Sbarca a Populonia ed alla foce del Pecora nonostante l’opposizione dei fiorentini. Per il senese si sposta nel perugino e giunge a Viterbo dove si incontra con il papa. La sua compagnia si acquartiera nel senese.

Nel senese; si ammala nel pisano. Parte per Cesena ed ha un nuovo colloquio con Giulio II. Si sposta alla guardia di Bologna con 4000 fanti; da qui è inviato con Giovanni Vitelli (100 uomini d’arme, 400 cavalli leggeri, 2500/2600 fanti) a Modena che si è ribellata al duca di Ferrara Alfonso d’Este. Nella città prende alloggio in casa di Ludovico Ronchi; è raggiunto dal capitano generale Francesco Maria della Rovere e da Giampaolo Baglioni. Incomincia subito a fare abbattere alcune case nelle vicinanze di Porta Baggiovara ed alla Porta di Cittanova.

Si ammala. Ha un consiglio di guerra a Modena con il provveditore generale veneziano Paolo Capello.  Respinge facilmente da Modena gli imperiali.

Si offre ai veneziani per l’incarico di governatore generale: la sua candidatura trova forti ostacoli a causa della  giovane età. Nello stesso periodo, con il cardinale dei Medici ed alcuni giovani fiorentini, partecipa ad una congiura ai danni del gonfaloniere di Firenze Piero Soderini, troppo vicino alla politica francese.

Prende parte all’assedio di Mirandola difesa da Alessandro da Trivulzio con 400 fanti: Marcantonio Colonna ha il comando delle artiglierie. Tratta invano la resa con Roberto Boschetti; riprendono le operazioni ed a uno degli assalti è visto partecipare lo stesso pontefice. Alla fine persuade i difensori a cedere a patti ed impedisce il saccheggio della località. Al riguardo fa bastonare un uomo d’arme di Chiappino Vitelli ed  ha un alterco con tale capitano. A fine mese si incontra a Modena con il vicario imperiale, il Vitfurst: fa rafforzare le difese cittadine con bastioni e ripari.

E’ sempre alla difesa di Modena con 1500 fanti: rimane nella città fino al momento in cui il pontefice rinuncia al suo possesso per consegnarla a Massimiliano d’Austria in quanto la località fa parte della giurisdizione imperiale. Il Colonna raggiunge Finale Emilia.

Rientra a Modena ed è preso a sassate dalla popolazione quando, nella piazza, cerca di impedire che vengano abbattuti  alcuni edifici. Deve intervenire il Vitfurst. Il giorno seguente abbandona Modena. Si reca a Ravenna; fa pressioni sui pontifici affinché ostacolino i francesi nell’attraversare il Secchia; non viene ascoltato. Si fortifica in Bondeno con 4000 fanti.

Al Consiglio dei Savi di Venezia è nuovamente ventilata l’ipotesi della sua nomina come governatore generale al posto di Lucio Malvezzi: la proposta non trova molti consensi.

Raduna un buon numero di fanti, perviene ad Imola e tenta di recuperare Bologna. E’ spedito a Fano dal della Rovere per sedarvi alcuni disordini provocati dai locali   fuoriusciti. Rientra a Modena su richiesta del Vitfurst per tenere a bada lo Chaumont ed i francesi.

Nel faentino per riordinare le truppe. Si trasferisce nel bolognese con Melchiorre Ramazzotto;  devasta i raccolti del territorio. E’ respinto con facilità dalla popolazione.

Rinnova la sua pressione su Bologna; entra per trattato nella rocca di Sassoleone sulla destra del Sillaro. Chiede licenza a Giulio II di abbandonare il campo perché non vuole sottostare agli ordini di Andrea da Capua: muore tale capitano e la sua richiesta non ha più ragione di essere. A Faenza con il della Rovere.

Raggiunge ad Imola le milizie della Lega Santa con Giovanni Vitelli, Malatesta Baglioni e Raffaello dei Pazzi (800 uomini d’arme, 800 cavalli leggeri, 8000 fanti italiani).  Assedia ancora Bologna.

L’arrivo dei francesi agli ordini di Gastone di Foix (1300 lance, 6000 fanti tedeschi e 8000 tra italiani e francesi) lo persuade a rientrare ad Imola. Si ferma a Pieve di Cento nel convento di San Francesco con Pietro di Paz e Ferdinando d’Avalos.

Viene inviato alla guardia di Ravenna con Pietro di Castro, il Salazar e Cristoforo di Paredes (100 uomini d’arme, 100 cavalli leggeri e 1500 fanti spagnoli) con la promessa che l’esercito della lega sarebbe accorso in suo soccorso se la città fosse stata attaccata. Rafforza le difese di Ravenna: Gastone di Foix giunge nottetempo di fronte alla Porta Adriana ed alla torre Rancona (o Zancana) dove pianta dodici pezzi di artiglieria. Il capitano francese, a causa delle mancanza di vettovaglie conduce subito un attacco alle mura: il Colonna respinge l’assalto che dura tre/cinque ore e che termina con la morte tra i francesi di 300 fanti e di alcuni uomini d’arme fra i quali il comandante delle artiglierie, il Busserade. Per difendersi sono utilizzati dai fanti spagnoli fuochi artificiati (sorta di tubi di legno lunghi 3 piedi) e pignatte di terracotta piene di esplosivo lanciate contro gli avversari. Altri assalti sono parimenti respinti. Nel frattempo i collegati sono disfatti nella  battaglia campale che si svolge nei pressi di Ravenna: il Colonna è fatto uscire con uno stratagemma dalla rocca, con la scusa che Alfonso d’Este vuole arrendersi nelle sue mani dopo essere stato sconfitto. Si salva nell’imboscata che gli è stata posta  per riparare nella cittadella. Gli abitanti, dopo alcuni tentativi volti a guadagnar tempo, decidono di arrendersi inviando propri inviati al cardinale Federico da San Severino presente nel campo avverso. Nelle more delle trattative diminuisce  la concentrazione sugli spalti. I francesi ne approfittano per irrompere in Ravenna. Il Colonna è costretto ad assistere impotente  al sacco della città da parte dei fanti guasconi caratterizzato dall’ uccisione di molti abitanti, da furti, violenze e stupri, dalla depredazione di case e chiese. Interviene, infine, il la Palisse per far cessare ogni scempio: 34 guasconi sono catturati dai loro compagni ed impiccati a titolo d’esempio. Dopo  quattro giorni  si arrende  a patti anche il Colonna a causa della rovina dei bastioni difensivi distrutti dai bombardamenti. E’ liberato con l’impegno di non prendere le armi contro i francesi fino al prossimo mese di luglio. Si porta a Rimini.

A Roma, in San Giovanni in Laterano per l’apertura del concilio lateranense. Con Giulio Orsini, Costantino Arianiti e Niccolò della Rovere ha l’incarico di proteggerne i lavori.

Con Fabrizio Colonna protegge a Roma il duca di Ferrara Alfonso d’Este, che si è recato nella città con un salvacondotto per discutere la pace con il pontefice e che Giulio II non vuole  riconoscere. Supera il blocco di San Giovanni in Laterano con l’ospite e lo conduce in salvo a Marino: è perseguitato dal papa.

Il papa Giulio II si ammala in modo grave. Convince il vescovo di Rieti Pompeo Colonna ed altri membri della famiglia Colonna a desistere dalla loro azione ai danni dello stato della Chiesa a favore dei francesi. Ritorna a Ravenna a contrastare gli estensi.

Alla morte di Giulio II entra in Bologna con Troilo Savelli (350 uomini d’arme e molti fanti) per difendere la città da eventuali attacchi dei Bentivoglio.

Viene contattato una volta di più dai veneziani. Gli sono consegnati dai faentini 3 cannoni già appartenenti a Carlo da Gubbio, fatto prigioniero nella battaglia di Ravenna.

E’ inviato dal nuovo pontefice Leone X con 400 lance alla difesa di Parma e di Piacenza per prestare soccorso agli spagnoli contro francesi e veneziani.

Mette in ordine la propria compagnia, anche se a tutto luglio riceve solo una parte del denaro necessario per completarne l’organico.

Raggiunge Finale Emilia con 80 lance come richiestogli dal viceré di Napoli Raimondo di Cardona. Attraversa il Po alla Sacchetta, punta su Verona in cui entra con 100 uomini d’arme e 60 cavalli leggeri; ne rafforza la guarnigione composta di 1800 fanti spagnoli, di 4000 tedeschi  e di 500 svizzeri. Lo affiancano Francesco da Castellalto e Giorgio Frundsberg. Introduce nella città molto foraggio, fa rafforzare i bastioni di Porta Vescovo, il castello di San Felice ed altri due punti; le truppe sono inviate ad alloggiare a Villafranca di Verona per non pesare troppo sugli abitanti della città. Mette in angustie i veneziani con le sue iniziative: taglia loro le linee di rifornimento, saccheggia Montecchio Maggiore, occupa Vicenza con 7000 fanti e 500 cavalli. A Verona segue di persona i lavori di rafforzamento delle opere difensive.

Esce nottetempo da Verona per Porta Vescovo con 3000 fanti,  300 cavalli leggeri, dieci pezzi di artiglieria tra cui 4  falconetti;  sorprende a Valeggio sul Mincio Giampaolo Manfrone e Mercurio Bua, che si sono posti alla difesa della località con 400 uomini d’arme e 400 cavalli leggeri. Lo scontro avviene sul ponte del Mincio. Dà l’ordine di sparare con le artiglierie; lo Zuchero, Giovanni Zafa, Barone da Napoli e Bernardino Calderaro contrastano virilmente gli avversari. Nello scontro è catturato Giulio Manfrone, mentre il padre si quest’ultimo Giampaolo riesce a fuggire alla volta di Goito. Sono catturati 100 uomini d’arme. Il Colonna a causa della mancanza di vettovaglie in Verona decide di lasciarli liberi dopo averli spogliati di armi e cavalcature. Subito dopo entra in Valeggio sul Mincio il cui presidio di 400 fanti si ritira al suo avvicinarsi al centro. Fatto tagliare il ponte sul fiume, assale Legnago in cui penetra catturandovi alcuni gentiluomini veneziani. E’ segnalato a San Giovanni della Rogna (San Giovanni Ilarione) e nel vicentino. Verona è raggiunta da altri 7000 fanti tedeschi che accrescono il numero dei difensori e riforniscono nello stesso tempo di vettovaglie la città.

Irrompe nuovamente in Legnago in un giorno di mercato. Nella città vi solo quattro nobili veneziani e 60 fanti perché il resto dell’esercito della Serenissima è impegnato all’assedio di Brescia. Punta su Cologna Veneta, depreda poi il territorio di Montagnana, introduce un presidio di 50 fanti spagnoli a Legnago e rientra a Verona.     A Venezia il Consiglio dei Savi discute su un suo possibile incarico di comando nell’esercito della Serenissima. Il suo nominativo viene una volta di più scartato.

Sempre a Verona. Seda a stento un ammutinamento dei soldati tedeschi causato dal ritardo delle paghe;  il denaro per consegnare un acconto sulle quattro paghe scadute  è fornito da alcuni  cittadini. Marcantonio Colonna compie una prima sortita con lo Zuchero e Giovanni Zafa per respingere una scorreria dei veneziani in Valpolicella che ha fruttato un grande bottino in termini di bestiame razziato e di prigionieri. Giunge a Ponton, ma gli avversari si sono già allontanati. Decide, in un secondo momento, di assalire i veneziani sul Garda con Barone da Napoli, Bernardino Calderaro, Andrea di Liechtenstein e Francesco da Castellalto.  Sorprende a Cavaion Veronese Giacomo da Vicovaro che vi staziona con 100 cavalli leggeri senza le opportune cautele. E’ messa a sacco Piacenza d’Adige; dopo un rientro a Verona, si porta a Monzambano con 4 pezzi di artiglieria. Costeggia le rive del Mincio. Ritorna a Verona con la perdita di 40 cavalli dei saccomanni catturati mentre sono intenti a predare il territorio. A fine mese compie un’ultima incursione a Villafranca di Verona.

A Mori, con il conte di Cariati Giovanni Battista Spinelli e 4 bandiere di fanti per venire incontro a 8000 fanti tedeschi, comandati di Giorgio da Liechtenstein,  inviati in soccorso da Massimiliano d’Austria. A metà mese esce da Verona per andare incontro ai fanti svizzeri venuti anch’essi per rafforzare le milizie imperiali. Si accampa tra Sommacampagna e Sandrà. A Bussolengo   si congiunge con gli svizzeri condotti da Galeazzo Visconti.   Nel complesso in questo momento l’esercito imperiale (compresi 1500 fanti spagnoli) dispone di 27000 fanti, 1000 lance tedesche e di 7000 venturieri. In esso il Colonna ricopre l’incarico di governatore generale, mentre il comando è affidato al marchese di Brandeburgo (Giacomo di Hohenzollern). E’ gettato a Ponton un ponte di barche sull’Adige ed un altro ponte a Pescantina sui quali passano le truppe. E’ respinto un attacco portato da una squadra di uomini d’arme veneziana che tenta di  impedire loro  l’attraversamento del fiume. Varca pure il Mincio;  le milizie  si sparpagliano tra Desenzano del Garda, Rivoltella e Valeggio sul Mincio. Entra in Bergamo: alla città è imposta una taglia, pena il suo saccheggio. Appoggia gli imperiali a Romano di Lombardia; a metà mese punta su Asola con il marchese di Brandeburgo (300 uomini d’arme e 4000 fanti) Alla difesa della località si trovano il provveditore Francesco Contarini, Rizino d’Asola, Antonio da Martinengo, Pietro da Longhena, Giorgio di Vailate, Bartolomeo da Verona, nonché le compagnie di Frate da Pavia e quella di Borghese da Borgo.   Il Colonna intima la resa; ottiene un rifiuto. La sera è respinto a colpi di cannone un suo attacco ad una porta cittadina. Nella notte sono collocati 32 grossi pezzi di artiglieria che cominciano a sparare contro le mura; all’alba del giorno successivo segue un furioso assalto, sostenuto soprattutto dalle fanterie svizzere e tedesche armate alla leggera con picche e daghe. I suoi uomini sono respinti con gravi perdite. Gli assediati, anzi, con una sortita riescono ad impadronirsi di 5 pezzi. E’ presa la decisione di levare il campo nottetempo. Il Colonna si ritira versa Gambara e Pralboino, ove sosta nel palazzo dei Gambara, dai quali è molto onorato. In cambio costoro approfittano della sua benevolenza per ottenere alcuni benefici. Francesi e veneziani lo affrontano  tra Remedello Sopra e Remedello Sotto. I francesi si ritirano rafforzando le guarnigioni di Pontevico e di Robecco d’Oglio. I lanzichenecchi mettono a sacco Verolavecchia. Supera l’Oglio ad Orzinuovi, raggiunge Soncino, tocca Mozzanica, punta su Caravaggio (di cui ottiene la resa), si ferma a Rivolta d’Adda (nuovo scontro con gli avversari) ed a Treviglio, dove soffoca con molte promesse un tumulto delle truppe che reclamano la paga. Nella circostanza uccide personalmente un tamburino, che ha incitato alla rivolta i commilitoni. Qui attende l’arrivo dei rinforzi svizzeri che gli devono essere condotti dal cardinale Scheiner. Francesi e veneziani ora non contrastano la sua marcia lungo l’Adda.   Supera anche tale fiume a Bisnate;  punta su Milano alla cui difesa si trova il Connestabile di Borbone. Si colloca all’ avanguardia con i cavalli leggeri; al centro si trova il marchese di Brandeburgo con gli uomini d’arme; alla retroguardia si pone Andrea di Liechtenstein con i lanzichenecchi. Dietro ancora vengono i fanti svizzeri e l’artiglieria con l’imperatore, il cardinale di Sion (Matteo Scheiner) ed il conte di Cariati. Il Connestabile di Borbone rifiuta la battaglia campale  che gli è offerta dagli avversari. Intanto la mancanza di pane e di vettovaglie in genere, nonché di biada per le cavalcature, rende difficile la vita agli attaccanti. Gli svizzeri (anche per le divisioni esistenti tra i vari cantoni) abbandonano il campo imperiale; 7000 di costoro, anzi, disertano nel campo francese. Alla notizia i francesi escono dalle mura di Milano e danno alle fiamme il borgo di Porta Tosa. Il Colonna invia 500 fanti svizzeri e Bernardino Calderaro a prendere possesso di Monza. L’azione fallisce. A fine mese il campo imperiale si ritira per accamparsi a Peschiera Borromeo; gli svizzeri rimasti fedeli ed i fanti spagnoli arretrano su Melegnano. L’ultimo giorno di marzo il Colonna è segnalato a Zelo Buon Persico ed a Casolate.

Assale la rocca di Lodi, alla cui difesa si trovano molti fanti francesi ed i guelfi del circondario. Ne bombarda le mura per molte ore. Non accetta la richiesta di resa da parte dei difensori. Gli svizzeri del cardinale di Sion, spagnoli e lanzichenecchi vogliono entrare nella rocca per una breccia nelle mura. I difensori resistono con accanimento all’assalto con verrettoni, sassi, travi, fuochi artificiati gettati dall’alto delle mura sulle teste degli attaccanti. E’ dato anche fuoco da costoro ad un accumulo di fascine depositate in precedenza nel fossato: il fumo soffoca gli imperiali. Alla fine ogni resistenza è superata ed è fatta strage dei difensori. Anche Lodi è messa in gran parte a sacco per più di sette ore. Come conseguenza della vittoria i 7000 fanti svizzeri che hanno accettato di militare per i francesi si presentano davanti a Lodi e ritornano agli stipendi dell’imperatore con l’eccezione dei loro capitani. Marcantonio Colonna accetta nella città anche 200 fuoriusciti del ducato di Milano. Muove in soccorso di Sant’Angelo Lodigiano. Aumentano, tuttavia, le  difficoltà in Lodi per il ritardo delle paghe; invano chiede 10000 ducati; gli svizzeri ripiegano allora verso Bergamo e lo lasciano in Lodi con poche forze.

E’ attaccato in Lodi dai veneziani di Teodoro da Trivulzio: vista l’inutilità dei propri sforzi preferisce lasciare anch’egli la città, toccare Bergamo, entrare nel bresciano e depredarne il territorio. Tallonato sempre da vicino dai cavalli leggeri francesi e veneziani, rientra   a Verona con il marchese di Brandeburgo alla testa  di 1000 cavalli, dei fanti tedeschi di Marco Sittich e di alcuni fanti spagnoli. Con il  Brandeburgo e Giorgio di Liechtenstein decide di affrontare gli avversari in battaglia campale. Francesi e veneziani con i loro pezzi di artiglieria cercano di bloccare la marcia dei lanzichenecchi e di 1000 svizzeri. Gli avversari inizialmente sembrano rifiutare il combattimento, salvo ad attaccare gli imperiali in un secondo momento a Santa Lucia. Lo stesso Colonna con l’aiuto dei suoi uomini d’arme riesce a stento a salvarsi dalla cattura ed a riparare entro le mura di Verona. Nella città domina la fame. Molti disertano dalle file imperiali; con estrema difficoltà riesce a domare un ammutinamento dei fanti spagnoli (causa il ritardo delle paghe) che spedisce alla difesa di Brescia. Raggiunge a Trento l’imperatore con il marchese di Brandeburgo per conferire sulla situazione.

Scorta con Gurlotto Tombesi,  fino alla Chiusa il cardinale Scheiner, diretto a Milano.  E’ assalito in Verona dai francesi del Lautrec e dai veneziani di Teodoro da Trivulzio che hanno ai loro ordini 1200 lance e 10000 fanti, mentre egli ha a disposizione  2000 cavalli e 9000 fanti. Esce da Porta Vescovo con il borgognone Zuchero, Bernardino Calderaro, il Tombesi e Giovanni Zafa. Si imbatte in 500 cavalli leggeri veneziani  spalleggiati da molti contadini. Respinge gli avversari a Soave. Rimangono sul terreno 12 uomini; sono catturati tra i veneziani 30 uomini d’arme, alcuni  cavalli leggeri e molti contadini. Questi ultimi sono salvati dalla forca dagli stessi soldati che li hanno fatti prigionieri. Marcantonio Colonna punta di seguito su Villanova con la sua compagnia, i cavalli leggeri e 10 pezzi di artiglieria. Mette a sacco la località, peraltro abbandonata dagli stessi difensori. Rientra a Verona. Effettua nuove scorrerie per procurarsi vettovaglie ed il denaro necessario per le paghe delle sue truppe: assale così Caldiero (ove sono feriti il suo alfiere ed alcuni uomini d’arme della sua compagnia, tutti medicati a Verona) e Vicenza. La città viene messa a sacco. Sono depredati monasteri e chiese, imprigionati preti e frati. Il Colonna fa rilasciare i religiosi e restituire i beni trafugati nelle chiese. Lascia Vicenza il mattino seguente e si ferma a San Bonifacio da dove spedisce a Verona quanto trafugato nella città berica. Mette a sacco anche Cologna Veneta con 3000 lanzichenecchi. In Verona, tuttavia, le cose non cambiano: gli spagnoli spadroneggiano pretendendo taglie dagli abitanti. Mancano le vettovaglie per i soldati e gli abitanti.  I disordini e la carestia inducono 800 fanti spagnoli e 3000 fanti tedeschi a lasciare la località per il ritardo delle paghe: vani risultano i suoi tentativi di farli recedere da questo proponimento. Anzi è abbandonato anche da 40 uomini d’arme della sua stessa compagnia. Alla difesa della città rimangono solo 60 uomini d’arme (quelli della sua compagnia), 300 cavalli leggeri (lo Zuchero, Giovanni Zafa, Gurlotto Tombesi ed Andrea Bua), 1500 fanti spagnoli (Francesco Maldonado), 2500 tedeschi (il Frundsberg, Marco Sittich e Francesco da Castellalto) e 500 svizzeri. Nella città mancano cibo e foraggio. Anche i fanti spagnoli vogliono abbandonare la difesa di Verona: con il conte di Cariati riesce a tamponare la falla riconoscendo a questi soldati (mediante un’imposizione di un prestito forzoso alla cittadinanza di Verona) un acconto di un quarto di ducato a testa con la garanzia del saldo di quanto dovuto entro pochi giorni.

Agli inizi del mese continua nelle sue scorrerie per alleviare le difficoltà poste dall’assedio. Esce dalla città con Giorgio Frundsberg; ha una grossa scaramuccia verso Parona con gli avversari; è costretto a rientrare in Verona dopo avere subito notevoli perdite. Nei giorni seguenti scorre in Valpantena con i cavalli leggeri dello Zuchero, di Giovanni Zafa ed i fanti del Maldonado. Compie un’ultima sortita uscendo da Campo di Marte con 3 bandiere di fanti tedeschi e 5 pezzi di artiglieria per assalire a Santa Caterina i fanti spagnoli che militano al soldo della Serenissima. Sono uccisi 200 uomini nei loro alloggiamenti. Nonostante i suoi tentativi di allentare la morsa  veneziani e francesi continuano con maggior vigore nelle loro operazioni di assedio.  Il fatto non lo  coglie impreparato: il condottiero, dietro le mura rovinate, fa costruire un fossato attraversato da trincee longitudinali dalle quali condurre sortite ai danni degli attaccanti. Il fossato è, inoltre, cosparso di triboli e di tavole dalle quali escono numerosi chiodi. Apparecchia pure un grande numero di vasi di terra pieni di fuoco lavorato atti ad essere lanciati sugli assalitori. Numerosi pezzi di artiglieria muniscono la città; le brecce nelle mura, infine, sono coperte da tende fatte con pelli di animali che, bagnate di continuo, nascondono i movimenti dei difensori e, nello stesso tempo, sono atte a respingere le palle di archibugio. Il Lautrec fa scavare alcune gallerie sotto le mura per tagliarne le fondamenta: come risposta, secondo gli usi del tempo, il Colonna fa sostenere i tratti delle mura pericolanti con lunghe travi che servano da puntello. I lavori sono presieduti dagli ingegneri Piero Francesco e Basilio dalla Scuola. I cittadini di Verona sono obbligati a fornire la manodopera.  Il Colonna  è ferito da un colpo di archibugio ad un braccio mentre ne sta sorvegliando il corso: il Lautrec gli invia, insieme ad alcuni doni, un medico per curarlo.  A fine mese consegna 300 ducati ad un contadino veronese affinché penetri nel campo veneziano e faccia saltare la santabarbara: costui getta della corda accesa in un mucchio di paglia e l’incendio si propaga in un deposito. L’uomo è catturato ed è fatto ardere vivo da Teodoro da Trivulzio nello stesso rogo da lui procurato.

I soldati spagnoli e tedeschi si ribellano;  è obbligato a rifugiarsi in Castelvecchio ed a dare loro in pegno i castelli di San Pietro e di San Felice: domanda anche un salvacondotto al Lautrec per inviare i suoi uomini d’arme a Bologna. Il Lescun conduce un attacco di fanteria contro la porta da lui difesa; i veneziani assalgono Porta Vescovo alla cui guardia si trova il Frundsberg. Il fuoco dell’artiglieria ed un contrattacco, portato dai fanti spagnoli e dagli uomini d’arme appiedati, provocano tra i francesi la morte di 200 uomini ed un numero ancora superiore di feriti: di costoro molti, nei giorni seguenti, perderanno la vita.

Giungono in soccorso di Verona 9000 tedeschi; il Lautrec e Teodoro da Trivulzio si pongono a loro volta su posizioni fortificate. La guerra continua ancora per qualche giorno senza vigore. I contendenti si persuadono alla pace per cui il Colonna, a fine mese, abbandona la città e con Basco da Cuna raggiunge in Austria l’imperatore; 30 suoi uomini d’arme ottengono dal Lautrec un salvacondotto per raggiungere Mantova.

Si incontra con il re Francesco I e trova l’accordo: gli sono concessi una provvigione annua di 8000 franchi ed il collare dell’ordine di San Michele.

Si reca ancora a Roma dal pontefice:  con Prospero Colonna protesta per l’uccisione avvenuta ad Anagni di alcuni colonnesi ad opera di partigiani degli Orsini.

Si reca a Mantova ed a Ferrara per convincere Federico Gonzaga ed Alfonso d’Este ad allearsi con i francesi: nel transitare per Milano il Lautrec gli consegna sei pezzi di artiglieria (2 cannoni, 2 falconetti, 2 sagri) e mille corsaletti da utilizzare alla difesa dei  suoi possedimenti.

Con il cardinale Pompeo Colonna si reca dal papa e protesta perché il pontefice vuole fare alloggiare i propri mercenari svizzeri vicino alle loro terre.

Si imbarca a Senigallia e raggiunge Venezia con un seguito di quindici persone: prende alloggio a Santa Maria Formosa in cà Gradenigo. Si incontra con l’amico Antonio Giustinian, si reca nel Collegio dei Pregadi dove è accolto dal doge Marino Grimani. Gli sono fatte visitare le sale del Consiglio dei Dieci, l’arsenale, il tesoro di San Marco; oltre un dono personale, gli sono pagate le spese di viaggio fino ai confini del ducato milanese. Si incontra fuori le mura di Milano con il Lautrec e prosegue per l’Emilia. Entra in Parma con Pietro Navarro e Francesco Maria della Rovere per verificare lo stato delle opere difensive.

Al campo di Zibello con il Lautrec: si collega con i veneziani di Teodoro da Trivulzio per soccorrere Parma,  assediata da imperiali e pontifici comandati da Prospero Colonna e da Ferdinando d’Avalos. Prende parte a vari consigli di guerra che si svolgono al campo di Fontanelle; è poi segnalato al campo di San Secondo Parmense.

Con Francesco Maria della Rovere si accorge dell’infelice scelta degli accampamenti imperiali di Robecco d’Oglio: fa pressioni sul Lautrec affinché si sposti in avanti mentre i veneziani si sarebbero dovuti muovere da Pontevico: l’intempestività dei francesi fa perdere la favorevole occasione.  Gli avversari hanno il tempo di spostare i loro alloggiamenti a Gabbioneta. Con il Lescun, il Buonavalle ed il Vandenesse ha il compito di molestare la retroguardia nemica: tende un’imboscata nella prossimità di una chiesetta di campagna mezzo rovinata.  L’intervento di Giovanni dei Medici, con una banda di cavalli e le sue fanterie, pone presto fine ad ogni velleità. Il Colonna ha il comando dell’avanguardia quando l’esercito si dirige a Bordolano.

Con la caduta di Milano nelle mani degli imperiali si trova con il della Rovere e Pietro Navarro a Ponte San Pietro, nei pressi di Bergamo. Si incontra con il capitano della città Paolo Nani; si sposta a Palazzolo sull’ Oglio per discutere con il Lautrec ed il provveditore generale Andrera Gritti sulla possibilità di azioni congiunte. Il Colonna, dal momento che  Teodoro da Trivulzio è stato catturato dagli avversari a Milano, si offre ai veneziani come governatore generale. Tocca successivamente Brescia, Verona e Venezia con un seguito di tredici persone; alloggia a San Mosé in cà Dandolo e si presenta in Collegio. Discute con il Consiglio dei Dieci le proposte del Lautrec di cui è latore, mentre l’amico Antonio Giustinian sonda il terreno per un eventuale suo incarico.

Alla morte di Leone X si allontana da Cremona per recuperare Parma con il Buonavalle e Federico Gonzaga da Bozzolo (5000 fanti e 600 lance). Viene attaccata la città, alla cui difesa si trova Federico Gonzaga con 700 fanti italiani e 50 uomini d’arme. Il Colonna si colloca a Torricella del Pizzo: il governatore di Parma, Francesco Guicciardini, ha sentore del pericolo e fa distribuire alla popolazione mille picche. E’ respinto un primo assalto della durata di quattro ore: il giorno seguente le truppe franco-veneziane riattraversano il Po senza le artiglierie per il timore che le milizie imperiali possano tagliare loro la strada del ritorno.

Prende parte all’assedio di Milano. Muore con Camillo da Trivulzio, colpito dai sassi di una casa battuta da una grossa colubrina (caricata forse da Prospero Colonna) mentre sta predisponendo un cavaliere per tirare con l’artiglieria su due ripari degli imperiali. Secondo un’ altra versione è colpito da una palla di cannone che gli trancia di netto una gamba. E’ sepolto a Roma con grandi onori in Santa Trinità dei Monti. Di seguito il suo cadavere è trasferito a Fondi accanto a quello dello zio Pompeo. Esiste un suo ritratto in palazzo Colonna; altro ritratto è quello di Giorgio Vasari presente nella sala di Giovanni in Palazzo Vecchio a Firenze. Matteo Bandello gli dedica una novella.