Viene sospettato, con l’abate di San Michele, di tenere un trattato con gli avversari per conto di Lucio Malvezzi.  Arrestato nottetempo a Pisa,  è condotto nella cittadella. Interrogato e sottoposto a tortura, confessa la trama  accusando il Malvezzi.

E’ sorpreso e fatto prigioniero a Marzano con 85 uomini d’arme che sono tutti svaligiati. Viene condotto a Firenze.

Ha il comando dell’intera compagnia a causa della cattura in combattimento dello stesso Alviano e di Baldassarre di Scipione. Si trasferisce al campo di Mestre con Niccolò Orsini;  non riesce a tenere uniti i suoi uomini.

Si ammala al campo di Brentelle nei pressi di Padova. E’ segretamente contattato da Giovanni Francesco d’Ascoli; è accusato di essersi dimostrato propenso alla  diserzione. I veneziani si dimostrano scettici su una tale eventualità; Giovanni Battista da Fano  è difeso dagli stessi provveditori e da Giano Fregoso.

Ottiene il comando della compagnia di Giano Fregoso allorché quest’ ultimo si reca a Roma a seguito della chiamata del papa Giulio II. Lascia Padova per la Porta di Codalunga con Giampaolo Baglioni ed il provveditore generale Andrea Gritti e si dirige a Vicenza.

Si trova alla difesa di Brescia quando la città viene investita dai francesi di Gastone di Foix. Catturato, riesce a riscattarsi;  raggiunge senza armi il campo di Albettone.

Si ammala; ristabilitosi, si reca a Venezia ed in piazza San Marco assiste alla consegna dello stendardo e del bastone di capitano generale all’ Alviano ritornato dalla prigionia francese.

Esce da Padova con l’Alviano e lo segue a Limena; è inquadrato nell’ avanguardia. Prende parte alla battaglia di Creazzo dove i veneziani vengono pesantemente  sconfitti. Riesce a fuggire con 25 lance;  ritorna a Padova. Si ammala nuovamente.

E’ segnalato al campo di Brentelle ed a quello di Brusegana. Con Malatesta Baglioni, Giulio Manfrone, Giampaolo da  Sant’Angelo, Mercurio Bua e Cola Moro batte a Camisano Vicentino 100 uomini d’arme, 300 cavalli leggeri e 300 fanti spagnoli che stanno depredando il territorio: nello scontro sono uccisi, feriti o catturati tutti i fanti e fatti prigionieri anche 100 cavalli.

Alla guardia di Peschiera del Garda. Si collega con Mercurio Bua a Monzambano. Insieme i due condottieri costringono 4000 fanti ed 800 cavalli imperiali, usciti da Verona con 11 pezzi di artiglieria, a desistere dai loro obiettivi ed a ripiegare su Dossobuono.

Prende parte all’assedio di Verona;  è obbligato a ritirarsi ad Albaredo d’Adige alla notizia che nella città sono giunti notevoli rinforzi inviati dall’ imperatore.

Il suo operato è lodato, seppur con qualche riserva, dal provveditore generale Andrea Gritti. Giunge a Venezia e presenzia ai festeggiamenti organizzati dalla Serenissima in onore di Teodoro da Trivulzio. Partecipa pure ad una seduta in Collegio e gli è confermata la condotta di 50 uomini d’arme in bianco.

Il Consiglio dei Savi discute su un suo possibile licenziamento: i motivi sono da ricercare nella sua infermità e nella cattiva rassegna dei suoi uomini.

Il Consiglio dei Savi decide di licenziarlo e di affidare la sua compagnia ad Orazio Baglioni. Gli sono riconosciuti una provvigione annua di 200 ducati ed alcuni sgravi fiscali. La decisione è presa su indicazione del provveditore generale Gritti; essa  suscita non poche perplessità a causa della sua malattia, della sua fedeltà e del suo stato di povertà. Giovanni Battista da Fano si reca a Venezia per protestare.