Con il padre Prospero ed il cugino Ascanio Colonna si fa mallevadore della sicurezza di Alfonso d’Este, che si reca a Roma per trattare la pace con il papa Giulio II.

Alla morte di Leone X il collegio dei cardinali gli affida il comando di un certo numero di fanti italiani per mantenere l’ordine in Roma e fare proseguire senza turbolenze i lavori del conclave.

Eredita i feudi di Marcantonio Colonna con l’eccezione di Frascati vale a dire Paliano, Serrone, Nettuno, Torre Astura, Ceccano, Pofi, Olevano Romano e Zancati.

A Roma, in San Pietro, per l’incoronazione di Clemente VII. Gli sono confermati dal pontefice i feudi, in Marittima, di Vallecorsa, Sonnino, San Lorenzo, Falvaterra, Ceccano e Pofi.

Raccoglie 3000 fanti nel territorio di Cassino;  con Giulio Colonna attacca a Roma,  all’abbazia delle Tre Fontane, gli avversari; li insegue fino a Campo dei Fiori ed a Monte Giordano, residenza degli Orsini.

Contrasta i pontifici con Ascanio e Pompeo Colonna, il duca di Sessa Luigi Fernandez di Cordoba ed il viceré di Sicilia Ugo di Moncada. Devasta l’agro romano.

Con 800 cavalli e 3000 fanti irrompe in Roma con Ugo di Moncada, Ascanio e Pompeo Colonna; occupa tre porte della città, giunge a Trastevere, attraversa ponte Sisto con 500 fanti e qualche cavallo e scaccia dal portone di Santo Spirito Stefano Colonna, che ne è alla guardia con 200 fanti e qualche pezzo di artiglieria. Prende alloggio nel Palazzo dei Santi Apostoli, costringe il papa a rifugiarsi in Castel Sant’Angelo, saccheggia i palazzi pontifici, la chiesa di San Pietro e parte del Borgo Leonino. Il bottino  ascende a 300000 ducati. Il Colonna è tacciato di tradimento; grazie, tuttavia, alla mediazione di Ugo di Moncada viene firmata una nuova tregua di quattro mesi con disdetta di due, per la quale è nuovamente perdonato.

Combatte ancora i pontifici attorno a Frosinone. Sempre in tale periodo l’imperatore gli revoca la signoria di Carpi a favore di Alfonso d’Este.

Rientra a Roma con Ascanio Colonna ed  il cardinale Pompeo nel pieno del sacco della città. Anche il Palazzo Colonna (Santi Apostoli), in cui hanno trovato rifuglio milleduecento gentildonne romane e mille uomini tra ambasciatori, preti e patrizi, viene assalito da spagnoli e lanzichenecchi i quali, per accaparrarsi le prede, non esitano ad affrontarsi con la spada in mano. Il bottino tra gioielli, denaro contante e taglie, è valutato in due milioni di scudi. Dopo alcuni giorni con Alessandro e Ferrante Gonzaga mette in salvo Isabella d’Este ed altri rifugiati facendo allestire sul Tevere alcune imbarcazioni.

Muore a Paliano a metà mese. Nomina sua erede, in ciò contravvenendo alla tradizione famigliare, la figlia Isabella promessa ad Ippolito dei Medici, nipote del papa, e più tardi moglie di Luigi Rodomonte Gonzaga. Ne nasce un aspro conflitto tutto interno alla famiglia Colonna. Pietro Gravina gli dedica un epigramma nei suoi “Poematum libri”. Sposa Beatrice d’Appiano, figlia di Jacopo e Giulia Gonzaga, figlia di Ludovico Gonzaga da Bozzolo.