In questo periodo viene a contesa con un altro capitano delle Bande Nere, Giovanni di Torino. Il Medici cerca di riconciliare i due capitani: vista l’inutilità di ogni tentativo,  dà loro mezza cappa ed uno spadone e li rinchiude in una stanza senza testimoni. Sampiero Corso è ferito leggermente alla fronte; il suo rivale gli permette di fasciarsi e riprende il duello. In un assalto il Corso acconsente, a sua volta, all’avversario di raccogliere la spada che gli è caduta; alla fine interviene il Medici che vede i due capitani stesi  sul pavimento senza conoscenza. Entrambi sono curati ed obbligati alla rappacificazione.

Si segnala alla difesa di Fossano, dove ha il comando di 300/400 fanti italiani. Di sorveglianza ad un bastione con 50 uomini d’arme del Villebon, vi è attaccato dagli imperiali capitanati da Antonio di Leyva. Si accorge che le trincee di fronte sono male controllate dagli avversari, le assale all’improvviso con il Wartiz: sono uccisi 25/30 imperiali, gli altri fuggono verso il campo del di Leyva. Gli vengono contro i nemici che si scontrano con i fuggitivi; del disordine ne approfitta la cavalleria francese. I suoi si ritirano praticamente senza perdite (tre/quattro morti) e conducono prigioniero un capitano napoletano che comanda 300 fanti. Il Corso ed il Wartiz  sono entrambi feriti da colpi di archibugio, il primo ad una mano ed il secondo ad un piede. Nel proseguo delle operazioni di assedio Antonio di Leyva fa bombardare i ripari e le difese cittadine; invia pure un trombetta per iniziare delle trattative di resa cui i francesi accedono per mancanza di polvere da sparo e di vettovaglie.

Alla difesa di Marsiglia. Al comando di 160 cavalli e di 300 archibugieri è sconfitto e fatto prigioniero a Tarbes (con il Montejean ed il Boisy) da Valerio Orsini, da  Paolo Luzzasco e dallo Zuchero.

Si sposta a Savigliano con Giovanni di Torino e 1000 fanti italiani; sempre con quest’ultimo si scontra con i nemici, toglie loro quattro insegne e fa prigionieri tre capitani. Alfonso d’ Avalos deve desistere dalle operazioni. Secondo il Brantome, più o meno in questo periodo, il Corso propone al re di Francia di uccidere l’imperatore Carlo V di ritorno da una spedizione a Tunisi.

Viene trasferito in Francia con Giovanni di Torino dopo essere stato per sette mesi alla difesa di Carignano. Milita agli ordini di Piero Strozzi. Staziona in Borgogna vicino a Cambrai.

Si distingue all’ assedio di Perpignano con Giovanni di Torino. Coglie in imboscata alcune compagnie di spagnoli di scorta ad alcune mandrie di bestiame;  respinge gli avversari. Il delfino di Francia, il futuro re Enrico II, che ha assistito all’azione, regala al Corso una collana d’oro e del denaro ai soldati della sua compagnia.

Partecipa ad un attacco ai danni di Cuneo in cui rimangono uccisi il luogotenente e l’alfiere della sua compagnia; il Corso è ferito al volto da un sasso.

Sostiene con i suoi archibugieri, in mezzo ai vigneti di Vitry-en- Artois, l’azione del Brissac. E’ sconfitto dai lanzichenecchi guidati da Guglielmo di Furstenberg.

Si trova alla difesa di Saint-Cyr-en-Talmondais dove salva la vita al Brissac; si ritira a Vitry-en-Artois, mentre in una chiesa sono uccisi dai tedeschi 300 fanti.

Un duello lo riconduce in Italia; la sua ambizione gli fa accettare mandati diplomatici, che sono causa di un suo incarceramento appena rimette piede in Corsica. Sospettato, infatti, di un’ intesa con il fuoriuscito Cesare Fregoso al fine di occupare la fortezza di Bonifacio e di fare ribellare l’isola, è arrestato dai genovesi ed è rinchiuso in prigione a Bastia: verrà liberato solo più tardi per l’intervento del re di Francia Enrico II.

Transita per Modena;  affianca lo Strozzi, diretto a Parma con Giovanni di Torino e Cornelio Bentivoglio al fine di prestare soccorso al duca Orazio Farnese.

Viene inviato dal Brissac con una compagnia di fanti italiani in aiuto del conte di Benne, i cui possedimenti sono posti tra Fossano e Mondovì.

Partecipa con il Termes e Paulin de la Garde al consiglio di guerra, tenutosi a Castiglione della Pescaia, in cui si decide di attaccare la Corsica con l’ausilio della flotta ottomana di Dragut. Al  Corso viene promessa la signoria di Leca.

Sbarcato in Corsica entra in Bastia e ne assedia la cittadella. Ottenutane la resa, si dirige verso Corte, ove invia Alessandro da Lento con molti fanti; punta su Calvi di cui sono alla guardia Vincenzo Fieschi ed Oberto Spinola. In breve il Corso si trova al comando di 4000 uomini che si sono  radunati attorno al suo nome per combattere  i genovesi. Respinto da Calvi si avvia verso Ajaccio: il Termes lo nomina suo luogotenente. La città  è abbandonata dai nemici: le case sono messe a sacco e distrutte; sono uccisi i genovesi che cadono nelle mani dei corsi. Si unisce, quindi, con i francesi e con la flotta turca che assedia Bonifacio; con la caduta di tale località fa ritorno ad Ajaccio. Il Termes gli dà l’incarico di costruire un bastione per contrastare Luciano Spinola che è entrato in Bastia; viene nominato maestro di campo dell’esercito. Provoca i genovesi con continue scaramucce;  sorprende due compagnie di fanti spagnoli. Questi ultimi, soccorsi dai genovesi di Bastia, hanno la meglio e si impossessano del fortino. Si scontra spesso con Chiappino Vitelli e con Carlotto Orsini che gli infliggono molte perdite. E’ accusato della morte di Giovanni di Torino, che avrebbe fatto uccidere da un suo fante sotto San Fiorenzo (Saint-Florent).

Con la caduta di San Fiorenzo nelle mani di Andrea Doria è inviato a rafforzare le difese di Bonifacio; si pone al comando di 5000 corsi e dei fanti italiani che militano ancora per i francesi. A Silvareccio;  per le montagne muove verso Vescovato per assalirvi i lanzichenecchi del conte di Lodrone. Mentre sta per guadare il fiume Gollo è messo in fuga dai fanti corsi che combattono a favore dei genovesi: nello scontro vi sono d’ambo le parti 150 morti e molti feriti. Anch’egli è ferito da un colpo di archibugio. Guarito dopo essere stato condotto a Bastelica per essere curato, si congiunge con Angelo Santo Corso (1000 fanti francesi ed italiani, 3000 fanti corsi e 200 cavalli) e sbarra il passo nella Balagna, a Belgodere, ai genovesi guidati da Alessandro da Verona e dal commissario Paolo Casanova. I capitani avversari sono catturati con 1000 fanti.

Contrasta gli imperiali nel senese. Sconfitto a Marciano con Piero Strozzi, ritorna in Corsica. Il suo comportamento, sempre più autoritario, gli aliena l’animo degli altri capitani corsi; ha un scontro con il Termes e gli viene dato l’ordine di imbarcarsi per la Provenza e di rientrare in Francia.

Ritorna in Corsica e vi raggiunge Giordano Orsini, che ha ora il comando delle operazioni al posto del Termes. Esce da Ajaccio, si sposta  nella Balagna dove in un’ incursione per poco non è fatto prigioniero dagli uomini di Leonardo Giustiniani. Si nasconde nel bosco, finché un contadino non gli consegna la sua cavalcatura con la quale può riparare ad Ajaccio.

In Corsica. Ostacola il disegno del nuovo viceré  Giordano Orsini che vuole ricostruire la fortezza di San Fiorenzo;  lo osteggia anche per quanto riguarda il rafforzamento di Biguglia: si parla di una sua possibile riconciliazione con i genovesi. Ricomincia a girare per tutta l’isola correndo il rischio di essere catturato dagli avversari: alcuni commissari regi lo rappacificano con l’Orsini. Il Corso fa ritorno in Francia.

Viene rimandato in Corsica; cerca invano di convincere l’ammiraglio turco Piali Pascià ad assediare Villafranca (Villefranche) e Nizza, appartenenti ai genovesi. Si ferma a Bastelica e con la pace di Cateau-Cambrésis beneficia anch’egli del perdono generale.

I genovesi su pressione del re di Francia gli restituiscono 2475 scudi, che gli sono stati confiscati per la sua ribellione, ed il prezzo di una casa appartenente ai beni di Francesco Ornano, anche questa sequestrata. Inizia il suo tentativo di fare ribellare la Corsica; invia persone di sua fiducia a Bonifacio ed a Ajaccio; ha contatti con i ribelli ed i fuoriusciti genovesi, specie con l’amico Aurelio Fregoso.

Parte per un’ambasciata a Costantinopoli presso il sultano Solimano. Ufficialmente la sua missione prevede la richiesta di un prestito; nella realtà spera di ottenere l’aiuto della flotta ottomana al fine di un suo intervento in Corsica.  A fine giugno giunge in Algeri. Sempre nel periodo dà una volta di più prova del proprio carattere violento con l’uccisione in duello del nipote Telone da Bastelica.

La moglie Vannina d’Ornano si arrende ai genovesi per salvare i suoi beni ed i figli dopo che a  Sampiero Corso è stata posta una taglia sul capo. La nave su cui fugge è raggiunta dai corsi a Cap d’Antibes; Vannina d’Ornano viene condotta ad Aix-en-Provence ed a Marsiglia, dove è  strangolata dal marito non certo per gelosia. Il Corso ripara a  Costantinopoli.

Il commissario genovese Niccolò Grimaldi prende la decisione di farlo uccidere: si offre uno schiavo, Mamot, il quale ottiene la libertà, lascia in ostaggio due compagni e parte per Costantinopoli per sopprimerlo prima che la flotta turca faccia vela per la Corsica. Il Corso è condannato in contumacia e gli sono confiscati nuovamente i beni. Il re di Spagna Filippo II, su richiesta di Genova, invia in Corsica l’ingegnere militare Giovan Giacomo Paleari, detto il Fratino, affinché curi il rafforzamento delle difese dei golfi di San Fiorenzo e di Ajaccio.

Ritorna alla corte francese alla notizia che 400 corsi, con Achille da Campocasso, si sono allontanati dalla maremma per trasferirsi in Corsica.

Affida l’amministrazione dei suoi beni a Thomas Lancre, un mercante marsigliese di origini corse, fornitore di armi agli algerini. Salpa da Marsiglia con una galea, messa a sua disposizione dagli alleati ottomani, ed una fregata; è accompagnato solamente da 25 ufficiali francesi e da 11 corsi. Una tassa del 3% sulle proprietà e un’altra di una lira per individuo, imposte dai genovesi, provoca dei torbidi che facilitano l’intervento di Sampiero Corso. Sbarca nel golfo di Valinco, vicino ad Ajaccio, mentre altre navi turche espugnano Porto Vecchio. Il condottiero occupa con i suoi seguaci Olmeto ed il castello d’Istria; si impadronisce di Vizzavona e costringe Niccolò Negro ad abbandonare Corte e riparare a Bastia; perviene nelle sue mani anche la torre di Venzolasca vicino a Vescovato. Napoleone di Nonza, che ne è alla difesa, è ucciso con tutti i suoi uomini dopo essersi arreso. Il Corso entra in Vescovato, sconfigge i genovesi nelle vicinanze, marcia su Oreto per fortificarsi in Petriera di Caccia: Niccolò Negro ripiega ancora. Il condottiero insegue i nemici dal ponte della Leccia sino a Volpajola e li vince una seconda volta. Nel combattimento tra i genovesi sono uccisi 300 uomini con Niccolò Negro; molti sono i prigionieri; costoro sono trattati umanamente. Si reca, successivamente, a  Brocca, tocca Renno, ottiene Portovecchio e ritorna al castello d’Istria. Dopo questi successi sono ora molti i corsi che si uniscono con le sue milizie, tra i quali si segnalano Giorgiucolo di Caccia e Lucio dalla Casabianca (500 uomini). Promette a tutti libertà, sgravi fiscali ed impieghi. Seguita un conflitto che dura quasi tre anni con ferocia senza pari. Un comandante genovese, caduto prigioniero dei corsi, è dato a divorare ai cani, tanto è vivo l’odio che anima gli isolani.

Sbarca a San Fiorenzo Stefano Doria, che prende e dà alle fiamme Volpajola.  In breve il Corso riesce a fermare fermata l’avanzata degli avversari.   Viceversa non hanno successo  un suo assalto al campo genovese di Vescovato ed un trattato per impadronirsi San Fiorenzo. Preoccupato della situazione militare, fa uccidere Pier Giovanni d’Ornano, cui attribuisce la sconfitta, e fa imprigionare Pierandrea da Casta: costui riesce a fuggire e si congiunge con i genovesi. Offre la signoria dell’isola a vari principi come al duca di Savoia Emanuele Filiberto, al granduca di Toscana Cosimo dei Medici, allo stato della Chiesa. Riceve aiuti da Marsiglia e da Livorno.

Interviene la flotta spagnola; i genovesi conquistano Caselle dove rimane ucciso il suo indivisibile compagno, Napoleone di Santa Lucia. Il Corso si dà alla distruzione sistematica di tutti i luoghi che possono agevolare i genovesi. Recupera Vescovato;  ad Aléria approda una nave carica di munizioni che gli è stata inviata da Cosimo dei Medici. Intercetta un convoglio di rifornimenti  che è diretto a Corte;  si impossessa di Belgodere e di Sartène.

Riconquista il castello d’Istria;  viene ferito ad un orecchio da un colpo di archibugio. I genovesi penetrano nella pieve di Ornano; Stefano Doria sconfigge il  Corso a Cauro; gli avversari si spingono sino a Bastelica, ne incendiano le case, in primo luogo quelle di sua proprietà. Achille da Campocasso, Lucio da Casabianca e Anton Paolo Castellano defezionano dalle sue file o ritornano alle loro terre rimanendo neutrali nel proseguo delle operazioni.

Dopo trentacinque giorni Sartène cade nelle sue mani: i difensori si arrendono a patti. Sampiero Corso fa passare per le armi il comandante e 40 soldati. Analogo trattamento viene riservato alla guarnigione del castello d’Istria. Tenta di procurarsi l’aiuto dei corsari turchi  che infestano le acque della Corsica; si reca a Linguizzetta per incontrarvi un corsaro. Costui è quasi subito messo in fuga dalla flotta di Francesco Giustiniani. Rafforzato da numerosi fuoriusciti corsi provenienti dal Lazio e dalla Toscana, il Corso si trasferisce a Moriani, espugna la torre della Padulella; si impadronisce, l’una dopo l’altra, di tutte le torri fino a Mariana, minaccia la stessa Bastia. Il Doria ne esce con 2500 fanti e 400 cavalli; il capitano genovese è sconfitto presso il villaggio di Carbonaccia  riportando la perdita di 300 uomini.

I notabili corsi decidono di inviare ambasciatori al papa Pio IV ed al re di Spagna Filippo II per verificare l’ipotesi della pace. Sampiero  Corso boicotta l’iniziativa ed invia, di nascosto agli altri, un proprio emissario in Francia alla ricerca di soccorsi.

Viene ancora attaccato da Stefano Doria che lo obbliga ad asserragliarsi in  Asco. I corsari turchi compaiono nelle acque della Corsica ed aiutano i corsi nell’assalire la torre della Paludella: la flotta di Andrea Centurione ha la meglio sui turchi.

Stefano Doria fa dare alle fiamme i  raccolti di Pietralba, Caccia, Asco, Giovellina Omessa, Soverin, Bozo e Serra: in quindici giorni sono distrutti dai genovesi 123 villaggi.

Si precipita a Corte e si dà con affanno a racimolare nuove forze per contrastare il passo al nemico. I corsi che militano al servizio dei genovesi lo costringono ad arretrare.  Corte viene conquistata dagli avversari in due giorni di aspri combattimenti. Il Corso ripara ad Omessa; si scontra ancora con i genovesi che subiscono forti perdite a Luminanda. Il Doria ripiega a Bastia mentre egli ritorna a Santa Lucia.

Continuano le diserzioni ed i tradimenti fra i corsi. Il Corso si vendica su chi gli capita tra le mani;  fa strangolare, con la moglie e quattro figli, un uomo accusato di avere rivelato per lettera i suoi progetti ai nemici.

Tornano dalla Francia i due ambasciatori con 12000 scudi, tre stendardi di cavalli ed otto insegne di fanti: sul gonfalone compare la scritta “Pugna pro patria”. Il Corso si reca ad Altiani ed indice un nuovo convegno: tra gli isolani si riaccendono gli odi delle fazioni Rossa e Nera che da anni sono sopiti.

Offre la Corsica al re di Francia che gli invia nuovo denaro; da parte sua percorre paesi e villaggi e blocca temporaneamente l’emorragia delle diserzioni. Alcuni corsi si accordano con i genovesi per ucciderlo.

Gli vengono contro Michelangelo, Giovannantonio e Giovan Francesco d’Ornano che provengono da Ajaccio: il Corso ordina al figlio Alfonso di mettersi in salvo ed affronta gli avversari. Giovannantonio d’Ornano lo ferisce al collo con un colpo di archibugio; egli mette mano alla spada; un suo servitore, di nome Vitolo, che è stato corrotto  con 150 scudi, lo ferisce alla schiena con un altro colpo di archibugio. Cade da cavallo; i d’Ornano gli sono sopra e lo finiscono: gli è spiccata la testa dal busto e la parte rimanente del corpo viene bruciata; le sue interiora sono mangiate dagli  avversari. La testa è inviata ad Ajaccio al commissario Francesco Foscari. Le sue ceneri sono sepolte a Bastelica.