Dopo alcuni assalti portati dagli avversari a Perugia, si unisce con Ludovico da Marciano, Giampaolo Baglioni, Camillo Vitelli e Paolo Orsini; con costoro espugna e dà alle fiamme Schifanoia appartenente a Berardino Ranieri. Tocca Ripa ed a Resena, incendia Civitella Benazzone.

Richiamato in Umbria, contrasta Jacopo Fiumi ed Alessandro da Sterpeto  rientrati in Assisi con l’aiuto del duca di Urbino Guidobaldo da Montefeltro e del signore di Pesaro Giovanni Sforza. Con Giampaolo ed Astorre Baglioni assedia la città e ne bombarda la rocca. Raggiunge un accordo con gli abitanti.

Con i congiunti sorprende a Mercatello di Monte Vibiano Vecchio alcuni francesi che stanno portando del denaro destinato alle paghe di loro funzionari.

Difende Spello dagli attacchi portati dagli abitanti di Foligno, di Gualdo Cattaneo e di Assisi. Sempre nel periodo con Rodolfo Signorelli e Giampaolo Baglioni ha l’incarico in Perugia di vigilare sulle cause di natura criminale e civile che si svolgono nel territorio comunale.

E’ segnalato inizialmente negli Abruzzi al fianco dell’Orsini. Rimane ferito nei pressi di San Severo in uno scontro di cavalleria con Francesco Rustico e Teodoro Boccali. Ad agosto è catturato con l’Orsini a seguito della resa di Atella  con  Simonetto e Carlo Baglioni. Viene liberato dal Montefeltro senza il pagamento di alcuna taglia.

A seguito dell’uccisione dei congiunti Simonetto, Astorre e Guido Baglioni ad opera di Carlo Baglioni e di Girolamo dalla Penna, chiede al fratello Gentile di prendere il  suo posto a Spello; si collega con Giampaolo Baglioni.

Rimane al governo di Perugia;  rifiuta di passare agli stipendi dei fiorentini che gli offrono una condotta di 100 lance e di 100 cavalli leggeri.

Alla notizia che i fuoriusciti condotti da Pompeo Oddi stanno radunando  fanti e cavalli nel territorio di Cortona mette in ordine 200 stradiotti e con parte dei suoi uomini d’ arme raggiunge Castiglione del Lago e Paciano con il fratello Gentile.

Giunge a Passignano sul Trasimeno; si dirige verso Borghetto dove gli avversari hanno posto il loro campo. Con Giampaolo Baglioni sconfigge i fuoriusciti in uno scontro in cui tra i nemici sono uccisi 250 uomini. Ferisce il nipote Carlo Oddi: costui viene ucciso da un fante per non volersi arrendere ad un uomo da lui considerato di bassa condizione. Il Baglioni si mette all’inseguimento dei fuggitivi sino alle porte di Cortona; razzia numeroso bestiame e  ritorna a Borghetto ed a Perugia con il  bottino.

Al servizio di Cesare Borgia affronta gli aragonesi nel regno di Napoli. A fine giugno lascia Roma dopo la benedizione delle sue truppe avvenuta davanti a castel Sant’Angelo mentre sfilano con le milizie francesi dell’Aubigny. A luglio entra in Capua e prende parte al sacco della città.

E’ assoldato dai fiorentini per contrastare i pontifici. E’ incaricato di contrapporsi all’avanzata di Vitellozzo Vitelli e del cugino Giampaolo in Toscana. Il papa Alessandro VI e Cesare Borgia cercano di proibirgli di proseguire nella condotta. Raccoglie 200 fanti nel perugino e si mette in marcia verso la Toscana. Anche Giampaolo Baglioni fa di tutto per bloccargli la marcia. E’ così costretto a fermarsi a Borghetto, mentre  il cugino si impadronisce di Valiano. Gira lungo la Val di Chiana e si dirige verso il campo. Passato alla guardia di Cortona, consegna la città a Piero dei Medici.

Si ammala di malaria sul lago Trasimeno; lo vengono a trovare Vitellozzo Vitelli ed il cugino Giampaolo. Vicino alla fine si reca a Paciano e chiama al suo capezzale il fratello Gentile. Muore a metà mese a Piegaro non senza il sospetto che sia stato avvelenato su ordine del cugino Giampaolo. E’ sepolto a Perugia nella chiesa di San Francesco dove sono tumulati i suoi antenati. Elogio funebre di Francesco Matarazzo.