Sposa Maddalena Gonzaga. A 2 miglia da Pesaro con Guidobaldo ed Antonio da Montefeltro va incontro alla comitiva che proviene da Mantova. Seguono poi i festeggiamenti nuziali con balli, conviti e rappresentazioni teatrali. La moglie morrà dopo solo un anno dando alla luce un bimbo deceduto anch’egli durante il parto.

Costringe la matrigna a cedergli il governo di Pesaro.

Ai primi del mese, accompagnato da 280 cavalli, fa il suo ingresso in Roma per  Porta del Popolo; è accolto dal sacro collegio, dal duca di Gandia e da Cesare Borgia oltre che da alcuni ambasciatori. Dopo pochi giorni il matrimonio viene celebrato nel Palazzo Apostolico dal vescovo di Concordia alla presenza del pontefice. Il suo abito alla cerimonia nuziale consiste in una tunica alla francese; indossa pure  una magnifica collana presa a prestito dal marchese di Mantova. Il vescovo di Concordia infila gli anelli alle dita degli sposi mentre Niccolò Orsini, capitano generale dello stato della Chiesa, alza la sua spada sopra le loro teste. Al termine degli sponsali Alessandro VI gli conferisce l’ordine di San Pietro. Giovanni Sforza ottiene una condotta dai pontifici e dal duca di Milano Ludovico Sforza.

Fa ritorno a Roma per rendere omaggio al pontefice e per raggiungere la sua sposa. Affianca il papa ad Orvieto.

Con la minaccia dell’invasione francese al regno di Napoli il papa gli  propone di abbandonare il soldo dello zio Ludovico Sforza, alleato dei transalpini, e lo invita a militare per gli aragonesi. Non sapendo decidersi in un senso o nell’altro finisce con il tenere il piede in due staffe: accetta di passare al soldo del re di Napoli e, nel contempo, informa i parenti milanesi sulle forze ed i movimenti delle truppe  aragonesi. Si trasferisce in Romagna per collegarsi con gli aragonesi.

E’ segnalato a Castel San Pietro Terme con 6 squadre di cavalli.

Giunge a Sant’Agata con Guidobaldo da Montefeltro; con l’arrivo senza ostacoli dei francesi in Toscana abbandona l’esercito aragonese e si ritira nei propri stati facendo il possibile affinché i suoi uomini non si scontrino con gli avversari.

A Perugia con la moglie e 100 cavalli a rendere omaggio al pontefice.

Prende parte alla battaglia di Fornovo. Nello stesso mese invia al suo posto il fratello Galeazzo all’assedio di Novara. Preferisce  rientrare nelle Marche.

Si trova nuovamente a Roma con la moglie Lucrezia Borgia.

Lascia Roma per le Marche.

Ritornato a Roma si dirige nel regno di Napoli con 400 cavalli e venti balestrieri a cavallo per contrastarvi i francesi e rimettere sul trono il re Ferdinando d’Aragona.

Si porta a Fondi; da qui raggiunge  Paduli dove si unisce con Francesco Gonzaga. Tenta invano di entrare in Benevento, si ritira a Morcone;  a Fragneto Monforte con il resto  dell’ esercito (1200 uomini d’arme, 1500 cavalli leggeri e 4000 fanti).

Assedia i francesi in Gaeta con il Montefeltro e Prospero Colonna.

Appoggia Consalvo di Cordoba all’assedio di Ostia dove si è asserragliato il corsaro francese Monaldo di Gueira. La domenica delle Palme con il cognato Giovanni, duca di Gandia, sfila a Roma in testa al corteo trionfale delle truppe pontificie reduci dall’impresa di Ostia, e lo segue  nella Cappella Sistina. Nello stesso periodo, tuttavia,  Alessandro VI decide di fare annullare il suo matrimonio con la figlia Lucrezia in non buoni rapporti con il marito; lo Sforza è minacciato dal cognato Cesare Borgia  di morte per il suo rifiuto di addivenire al divorzio. Un  ciambellano del signore di Pesaro, che si trova casualmente negli appartamenti della moglie, coglie un colloquio tra Lucrezia Borgia ed il fratello Cesare nel quale si parla di un suo possibile omicidio. Una sera della Settimana Santa lo Sforza monta a cavallo e, con il pretesto di fare una passeggiata, fugge da Roma con una piccola scorta;  in ventiquattro ore attraversa gli Appennini e ripara nella sua città. All’arrivo la sua cavalcatura, stremata, stramazza morta a terra. Per alcune fonti è invece incarcerato a Roma e viene liberato dai pontifici solo su pressione dei veneziani.

Si reca a Milano a sollecitare l’aiuto di Ludovico Sforza e del cardinale Ascanio Sforza: le necessità della politica obbligano i congiunti a restare neutrali. A metà mese il duca di Gandia è ripescato cadavere nel Tevere. Giovanni Sforza è ritenuto da alcuni mandante del suo assassinio per il sospetto che costui abbia avuto rapporti incestuosi con la sorella. Il papa invia al genero come proprio emissario fra Mariano da Genazzano, padre generale degli agostiniani, il quale gli espone la propria richiesta: accettare l’annullamento del matrimonio per la sua mancata consumazione o il divorzio per l’esistenza di precedenti accordi stretti con il primo fidanzato di Lucrezia don Gaspare da Procida.  I cardinali incaricati dell’ inchiesta esprimono il parere che tale pretesto non è sufficiente ed invocano la non consumazione delle nozze. Nel frattempo la moglie firma la domanda di annullamento, in cui si precisa che in tre anni di convivenza non vi sono stati tra gli sposi congiungimenti carnali. Sono pure esercitare pressioni sullo Sforza affinché restituisca la dote.

Parte per Milano e chiede la protezione allo zio Ludovico Sforza. Passa al suo soldo. Riceve il consiglio di dare dimostrazione della sua virilità davanti a testimoni o con la stessa Lucrezia, da convocarsi a tale scopo, o con un’altra dama della città, a sua scelta. Il duca di Milano accusa il nipote di non voler rinunciare alla moglie Lucrezia solo per non dovere restituire i 31000 ducati della sua dote;  ordina che il congiunto sia esaminato da un tribunale presieduto dal legato del papa Giovanni Borgia cardinale di Monreale. Il signore di Pesaro rifiuta di sottoporvisi.  Si reca a Brescia per prendere parte ai festeggiamenti dati nella città in onore dell’ex-regina di Cipro Caterina Corner. A Venezia.

Chiede invano il rinnovo della  condotta che ha in essere con il duca di Milano.

Una bolla papale lo dichiara decaduto dai suoi possedimenti per non avere mai pagato il tributo dovuto allo stato della Chiesa. Cerca inutilmente l’appoggio dell’imperatore Massimiliano d’Austria, cui pure, nei mesi precedenti si era offerto di fare da padrino al battesimo di un suo figlio. Giovanni Sforza invia anche un proprio ambasciatore a Venezia a chiederne la protezione. Viene ospitato nella città dal suocero Giacomo Antonio Tiepolo (nell’ intervallo temporale si è infatti risposato con la figlia di quest’ultimo Ginevra). Il Collegio dei Pregadi non lo vuole ricevere ed è fatto segno di persecuzione da parte dei suoi creditori. Offre Pesaro ai veneziani in cambio di un’altra signoria. La Serenissima non ne vuole sapere per non inimicarsi lo stato della Chiesa.

Con la sconfitta di Ludovico Sforza di fronte a francesi e veneziani perde l’unico sostegno della sua fallimentare politica estera. E’ scomunicato.

A Mombaroccio la popolazione approfitta di una festa per tentare di ucciderlo: l’ impiccagione di 7 uomini e lo squartamento di altri 2 sono la sua risposta ai segnali di rivolta.

E’ assalito da Cesare Borgia: è soccorso da Francesco Gonzaga che gli invia 100 fanti con Giacomo Albanese. Offre nuovamente Pesaro ai veneziani e gli è reiterato il diniego da parte della Serenissima. Ad ottobre spedisce i suoi beni via mare in Dalmazia; ribellatasi Pesaro, si rinchiude nella rocca con Giorgio da Cotignola.  L’avvicinarsi di Ercole Bentivoglio lo costringe a fuggire con  Giacomo Albanese a Mercatello sul Metauro ed ad Urbino. Alla difesa di Pesaro rimane il fratello Galeazzo. A novembre è segnalato a Bologna e quindi a Venezia presso il suocero Gian Giacomo Tiepolo.

Il doge di Venezia e Francesco Gonzaga gli negano ogni aiuto. Per Crema punta verso Trento; è diretto verso l’Austria per incontrare a Linz  l’imperatore Massimiliano d’Austria.

A Vigevano. Chiede al re di Francia Luigi XII il suo soccorso per potere recuperare  il suo stato pervenuto in potere di Cesare Borgia. Ottiene una risposta negativa.

A Venezia. Alla notizia della ribellione di alcuni condottieri nei confronti di Cesare Borgia vorrebbe ritornare a Pesaro; ne è dissuaso dai veneziani. Nel periodo si muove tra Venezia e Mantova.

Rientra a Pesaro con la morte del papa e la contemporanea malattia del Borgia. Assedia la rocca difesa dai pontifici, che, da parte loro, bombardano la città rovinando il campanile del duomo, la cappella di San Terenzo, il campanile di San Francesco. A metà mese il castellano spagnolo si arrende dietro la consegna di 1000 ducati. Lo Sforza si appropria delle artiglierie che si trovano all’interno (6 cannoni, 4 colubrine, 16 sagri, 6000 tra schioppetti ed archibugi). Dopo la riconquista della città dispone di festeggiare ogni anno la data del suo rientro con una giostra in piazza culminante con l’uccisione, a colpi di spada e lancia, di un toro simbolo araldico dei Borgia. Assetato di vendetta infierisce contro i ribelli della città con confische, con il carcere e condanne a morte. Nelle sue mani cade anche l’umanista Pandolfo Collenuccio, richiamato da Ferrara con false promesse di perdono. Lo condannerà a morte a metà luglio dell’anno seguente per avere sostenuto la causa del  Borgia nella sua qualità di ambasciatore del duca Ercole d’Este. L’umanista verrà strangolato nella sua cella.

Si reca a Roma;  il nuovo papa Giulio II gli rinnova il vicariato di Pesaro.

Giovanni Sforza è costretto dai veneziani a condurre a Pesaro la moglie Ginevra Tiepolo.

Timoroso dei pontifici si rinchiude nella rocca di Pesaro.

Reprime una nuova rivolta alimentata dai fuoriusciti coadiuvati da Giovanni da Sassatello. Arma un gran numero di contadini, respinge gli avversari e fa impiccare 12 capi della rivolta tra cui un cognato; sono giustiziate anche  5 donne. Dei cadaveri di queste ultime 3 sono appesi alle finestre del palazzo ducale, mentre altre 2 sono squartate ed i loro lacerti sparsi per la città. Paga subito al papa il censo dovuto.

Ad Urbino a rendere atto di omaggio al pontefice. Chiede sempre la protezione dei veneziani; ad ottobre rientra a Pesaro.

E’ condotto dal papa Giulio II per combattere i veneziani. Fa arrestare alcuni mercanti della Serenissima nonostante che in precedenza abbia loro fornito un salvacondotto: la disposizione in tal senso gli è stata imposta da Giulio II.

Colpito dalla febbre a Gradara si fa portare a Pesaro dove muore, forse per una forma di peste. E’ pertanto sepolto notettempo nella chiesa di San Giovanni Battista (più tardi demolita) dove si trovano le tombe degli Sforza.  Ritratto di Boccaccio Boccaccino. Ospita a Pesaro noti letterati come il cesenate Francesco Uberti, che nomina maestro della scuola pubblica. Quest’ultimo si sdebita dedicandogli un        “Epigrammaton liber”. Fa restaurare i castelli di Gradara (dove passa gran parte del suo tempo in solitudine) e quello di Novilara; ripristina le insegne sforzesche nella Rocca; affida a Cherubino da Milano la costruzione di un nuovo porto.