Fornisce un salvacondotto al cognato Carlo Visconti, figlio di Bernabò, affinché possa recarsi in Germania allo scopo di sollecitare aiuti ai congiunti tedeschi contro Gian Galeazzo Visconti, che si è impadronito della signoria di Milano.

Con il marchese Teodoro di Monferrato, Antonio Porro e Beltramo Guasco accompagna in Francia la figlia del Visconti che deve sposarsi con il duca di Turenna: transita per Alessandria, dove la sposa è accolta da Anderlino Trotti.

Viene riconosciuto come capitano di Mantova sei anni dopo la morte del padre Ludovico. Nello stesso anno aderisce alla lega organizzata da signorie e repubbliche  al fine di combattere le compagnie di ventura. I procuratori di Firenze, del Visconti, di Pisa, Perugia, Bologna, Lucca, Ferrara, Cesena e Forlì si radunano a Pisa nel palazzo di Pietro Gambacorta. Francesco Gonzaga si impegna a mettere a disposizione dell’ l’impresa 30 lance.

Allorché sembra mutare alleanza Gian Galeazzo Visconti esercita notevoli pressioni nei suoi  confronti per timore della moglie Agnese Visconti, figlia di Bernabò, che pure  ha dato a Francesco Gonzaga quattro figli. La donna è decapitata in una gelida mattina, a metà mese, in un angolo dell’attuale Piazza Pallone, con l’accusa di adulterio commesso con Antonio da Scandiano, cameriere dello stesso Gonzaga. Il fatto avviene dopo che gli sono state fatte trovare alcune lettere rivelanti l’adulterio della moglie ed un suo intervento a favore del fratello Carlo Visconti. Il presunto amante è invece impiccato:  sottoposto a tortura, ha confessato- ogni cosa desiderata.

Acquista Asola da Gian Galeazzo  Visconti per 30000 ducati;  dà in prestito al conte di Virtù altri 20000 ducati ed ottiene in pegno  Ostiglia. Si reca, successivamente, a Pavia e vi resta per sei mesi.

Muta partito ed entra nella lega avversa ai Visconti (Firenze e Bologna). La  durata è prevista in dieci anni: gli è concessa una provvigione mensile per dieci anni di 1000 fiorini in tempo di pace e di 2000 in tempo di guerra.

Il Visconti, per rappresaglia, fa approntare alcune opere di deviazione delle acque del Mincio mediante la costruzione di un ponte/diga a Valeggio sul Mincio: cerca pure di fare deviare le acque del fiume a Villafranca di Verona per prosciugare il lago di Mantova. Le acque del Mincio travolgono i sostegni, corrono verso il lago e travolgono una parte del ponte dei mulini.  Il Gonzaga si porta subito a  Bologna ed a  Firenze alla ricerca di alleati per contrastare il signore di Milano.

E’ nominato conte di Gonzaga dal papa Bonifacio IX. Non utilizzerà mai tale titolo in quanto più interessato al titolo marchionale che gli è concesso (mediante l’esborso di 12000 fiorini)  dall’ imperatore Venceslao di Boemia. Anche al Visconti è concesso a pagamento il titolo ducale: per rendere solenne l’occasione costui organizza una grande festa cui non è invitato il Gonzaga

Viene ospitato a Padova da Francesco Novello da Carrara. L’imperatore gli concede il permesso di aggiungere allo stemma famigliare l’impresa araldica utilizzata dai re di Boemia (il leone).

Stipula un trattato di alleanza con il regno di Francia. Nello stesso anno fa trasferire il corpo di Sant’Anselmo dal luogo dove è stato riposto sin dai tempi della contessa Matisse di Canossa, in una cappella costruita nella chiesa di San Pietro. Viene  scomunicato per essere assolto l’anno successivo.

Jacopo dal Verme attacca di sorpresa i suoi stati. Agli ordini di Francesco Gonzaga militano 1000 cavalli, 700 provvigionati e moltissimi contadini.

Alla notizia che Castellucchio è sul punto di cedere entra nella fortezza con 500 cavalli e 100 fanti arresta i fautori della resa e li conduce in catene a Mantova: lascia nel castello un presidio di 100 cavalli e di 100 fanti. Attraversa, indi, il Po con Guido Torelli e si dirige verso Luzzara e Suzzara per impedire ai viscontei di penetrare nel serraglio di Mantova. Recupera molte terre, ritorna a Borgoforte e ne rimane alla guardia Guidone Torelli.

Fornisce ai suoi uomini viveri per tre giorni, supera il Po e punta su Borgoforte, il cui castello è assediato da Jacopo dal Verme. E’ messo in fuga dal capitano avversario (800 morti nel combattimento, di cui più di 500 tra i collegati). Dopo la sconfitta si lascia prendere dallo sconforto ed è tentato a lasciare la stessa Mantova; ne è dissuaso da Conte da Carrara. Francesco Gonzaga fa avere a Jacopo dal Verme una lettera contraffatta del  Visconti con la quale gli si ordina di allontanarsi dal mantovano: ciò permette l’arrivo in rinforzo al Gonzaga di 3000 cavalli condotti da Carlo Malatesta e da Paolo Orsini, e di una flottiglia di 150 galeoni e di 12 galee veneziane.

Conclude con Jacopo dal Verme una tregua decennale con Milano, che si trasforma in pace due anni dopo: può fortificare il serraglio e ricostruire il ponte di Borgoforte. Il Mincio non sarà più deviato. Si reca a Pavia in visita dal Visconti.

In pellegrinaggio in Terrasanta per un voto fatto per essere sfuggito alla peste. A settembre è a Rimini. Con il cognato Carlo Malatesta e la sorella Elisabetta, prende parte, in vista del prossimo giubileo, ad un pellegrinaggio penitenziale organizzato nell’ ambito del movimento dei “Bianchi”.

Ha ai suoi ordini 8000 cavalli. Prende parte alla battaglia di Casalecchio di Reno inserito nella seconda schiera (forte di 2500 cavalli) con Ludovico da Zagonara: si batte con le truppe dello  Sforza.  Ottiene una completa vittoria sul capitano avversario Bernardo della Serra ed entra in Bologna. Fa prigioniero Giacomo da Carrara che conduce prima a Milano e poi a Mantova. Con il Barbiano fa trascinare Giovanni Bentivoglio, scovato nella casupola della sua nutrice presso il ponticello di Sant’ Arcangelo sulla Aposa, nel Palazzo della Reggenza. Nella città arma alcuni cavalieri sulla porta del palazzo fra i quali vi è Alberto Pio; fa in modo che il duca di Milano sia nominato signore di Bologna contrastando in tal modo le ambizioni di Nanne Gozzadini.

Viene chiamato a far parte del consiglio ducale con Alberico da Barbiano, Carlo e Pandolfo Malatesta, i vescovi di Pavia, di Novara e di Feltre, Antonio da Montefeltro, Giovanni Colonna, Paolo Savelli, Jacopo dal Verme, Baldassarre Spinola, Leonardo Doria, il camerario Francesco Barbavara, il cancelliere Giovanni da Carnago, i due consiglieri Pietro di Corte e Filippo dei Migli.

Alla notizia della grave malattia di Gian Galeazzo Visconti si reca in gran fretta a Milano; presenzia ai funerali del duca di Milano nel duomo. Interviene alla lettura del testamento del defunto con Pandolfo Malatesta, Antonio da Montefeltro e Francesco Barbavara.

Chiede a Francesco Novello da Carrara 100000 fiorini per il riscatto del figlio Giacomo; costui ne offre 50000. Nello stesso mese il giovane carrarese riesce a fuggire a Castelbaldo eludendo la sorveglianza dei suoi uomini. Giacomo da Carrara gioca alla palla come al solito vicino al lago di Mantova; vi è un tiro più lungo oltre il muro che lo separa dalle acque; esce per un portello per prenderla ed entra velocemente in una barca che lo sta aspettando; trova, infine, 12 cavalli carraresi, che si trovano anch’essi in sua attesa, e che lo portano in salvo a Padova.

Ottiene il titolo marchionale dall’imperatore  Venceslao di Boemia. Quest’ultimo viene poco dopo deposto, per cui tale nomina viene considerata nulla. In ogni caso due  anni dopo  il Gonzaga  viene riconfermato in tale veste dal papa Bonifacio IX.

Ugolino Cavalcabò e Giovanni Ponzoni sollevano Cremona ai danni  dei viscontei. Il Gonzaga è inviato nella città per cercare di mettere d’accordo le fazioni. La sua mediazione non porta ad alcun risultato.

Chiede a Ugolino Cavalcabò ed a Giovanni Ponzoni la consegna delle fortezze di Cremona. Avuta risposta negativa, muove ai danni di tale città con Galeazzo da Mantova.

Ritorna a Milano con la vittoria della fazione guelfa su quella ghibellina. Con altri dignitari accoglie all’esterno di una porta il Barbavara, scacciato  dalla città a causa della sua appartenenza al partito guelfo. E’ chiamato a far parte con l’arcivescovo di Novara Pietro Filargo ed  il Barbavara a far parte del consiglio di reggenza della duchessa Caterina Visconti.

Ottiene dalla Visconti Castiglione delle Stiviere, Lonato, Castel Goffredo e Solferino in cambio di 63650 lire imperiali, di cui è creditore per stipendi arretrati.

Favorisce i carraresi quando costoro si impossessano di Verona: per il suo appoggio si fa cedere alcuni castelli del veronese. Il signore di Padova non vuole ottemperare alle sue promesse e trama contro la vita del Gonzaga.

I Visconti gli riconoscono Ostiglia e Peschiera del Garda suscitando con ciò le rimostranze dei carraresi. Nel contempo appoggia nel parmense i Rossi contro il signore di Parma  Ottobono Terzi.

Si allea con i veneziani. Gli viene riconosciuta una provvigione mensile di 500 fiorini: la Serenissima, in caso di vittoria, gli assicura il possesso di Ostiglia, di Villapenta, di Castellaro Lagusello, di Belforte e di Peschiera del Garda. Il Gonzaga si porta all’assedio di Peschiera del Garda. A Verona, su un capitello, compare un suo cartello di sfida nei confronti del signore di Padova Francesco Novello da Carrara. Assalito all’ improvviso da Cecco da San Severino, deve fuggire con la cattura di 300 cavalli e di tutti i bagagli. Stipula una tregua con gli avversari.

Si riconcilia con Ugolino Cavalcabò ed Ottobono Terzi; scorre il veronese con Jacopo dal Verme e lo stesso Terzi. Depreda il contado fino a Villafranca di Verona;  rompe il serraglio difensivo in più punti.

Si ricongiunge ancora con Jacopo dal Verme; fa costruire una bastia a Bussolengo ed un ponte sull’Adige. Altre bastie sono edificate tra Arce e Pescantina, un’altra ancora a Castelrotto: le rifornisce tutte di uomini e di mezzi.  Si sposta in Valpolicella con 100 lance; in breve riduce in potere dei veneziani tutto il territorio. Anche Nogarole Rocca gli apre le porte.

Giunge a Monselice; rientra nel veronese. Con la sconfitta a Roncà di Giacomo Suriano e di Francesco dall’Aquila lascia con Jacopo dal Verme il campo di Bussolengo in Valpolicella per ritornare in fretta nel mantovano.

Assale Verona con il dal Verme e Guido Torelli. Esce di notte da Cavaion Veronese;  giunge sotto le mura del capoluogo in cui è stato organizzato un trattato con alcune sentinelle. L’attacco è portato vicino a Porta  Calzari; 300/400 soldati scalano le mura e si impadroniscono di tre piccole torri. Alcuni uomini scendono a combattere tra la porta ed il monastero della Trinità: il pronto intervento di Ludovico degli Obizzi e di Giacomo da Carrara respinge le milizie gonzaghesche dalle mura. Nello scontro rimangono uccisi 400 uomini, quasi tutti veneziani; il    Gonzaga è ferito da un colpo di lancia infertogli alla schiena da Giacomo da Carrara. E’ convocato a Venezia per un consiglio di guerra.

A San Bonifacio. Con Jacopo dal Verme occupa i castelli di Illasi, di Montorio Veronese e quasi tutta la Valpantena;  fa costruire una forte bastia ad Albarè.

Dopo un’offensiva dei carraresi condotta in Valpolicella da Paolo Lion attraversa rapidamente il Monte di San Leonardo, presso San Mattia, recupera senza fatica Arbizzano e Pescantina; ottiene a patti anche Castelrotto che è dato alle fiamme. Si ritira ad Avesa ed a Quinzano Veronese per non essere assalito alle spalle dai carraresi.

Chiesti soccorsi a Galeazzo da Mantova, che si trova ad Oppeano, attacca gli avversari  che escono da Verona fino al borgo di Sorio per venirlo a combattere.  I carraresi, capitanati da Giacomo da Carrara, da Paolo Lion e da Ludovico Obizzi assalgono la sua retroguardia e lo mettono in fuga. Il Gonzaga si rifugia nel borgo di Sorio, lo dà alle fiamme e ripara nel castello di Zevio: nel combattimento, senza contare gli annegati, perde 200 uomini, le bombarde ed alcune insegne. Da Porta Calzari esce anche Cecco da San Severino che lo stana all’Acquaccio: ripiega ancora una volta con la perdita di 100 uomini (cinque gli uccisi tra i carraresi). Si sposta a Villafranca di Verona e non trova più la solita accoglienza: gli abitanti si fortificano nel castello e respingono i suoi assalti. Tre giorni di inutili attacchi gli costano gravi perdite. A Vigasio per impadronirsi di una forte bastia: Giacomo da Carrara lo previene ed invia 36 balestrieri nella rocca; ne escono i difensori che danno alle fiamme la bastia assieme ad un’altra. Il Gonzaga assale allora la rocca per vendicarsi  delle sconfitte: i ripetuti attacchi si rivelano anche in questo caso infruttuosi. Dopo alcuni giorni varca l’ Adige ad Albarè, giunge a San Bonifacio e da qui si sposta nel padovano. Rientra all’assedio di Verona. A fine mese gli abitanti si arrendono nelle mani del dal Verme. Il Gonzaga entra in modo solenne nella città per la Porta Calzari con Jacopo dal Verme, Gabriele Emo, Giacomo Suriano, Rosso Marino e Barbone Morosini. Gli sono consegnate dalla Serenissima  Peschiera del Garda ed  Ostiglia come da accordi.

Affianca Jacopo dal Verme all’assedio di Padova. Si colloca al Bassanello;  conduce vari assalti alle mura cittadine. La città è travagliata dalla carestia e dalla peste.

Con la conquista di Padova i veneziani gli restituiscono 4600 moggia di sale grosso, a saldo di metà dote che i carraresi non hanno potuto restituirgli per la morte della figlia Alda, sposatasi con Francesco Terzo da Carrara.