Allorché gli aragonesi si ritirano da Castelvecchio Subequo per scendere in Terra di Lavoro Francesco da Pisa è trasferito alla guardia di Napoli con la sua compagnia. A Maddaloni viene a conoscenza del fatto che il conte di Caserta Francesco della Ratta ha disertato dal campo angioino a quello aragonese. Scorre fino ad Arienzo nel tentativo di catturare il della Ratta; cade in un agguato.  Riesce a sfuggire a stento alla cattura. Ripara ad Acerra.

Sempre a Napoli; si impadronisce della torre di San Vincenzo con l’ausilio di 4 galee genovesi che assalgono la fortificazione posta sul litorale cittadino. Con Micheletto Attendolo assedia in Castelnuovo Arnaldo Sans.

Rimane alla difesa di Napoli anche dopo la diserzione di Antonio Caldora. Si porta all’Annunziata per fronteggiare i nemici che sono riusciti ad entrare nella città per le condutture di un antico acquedotto male sorvegliato.