Filippino Gonzaga, che pure ha concesso un salvacondotto all’andata agli estensi, tende loro un’imboscata a Rivalta. Francesco d’Este sfugge alla cattura grazie alla valida difesa fatta dai mercenari tedeschi di Guilichino di Ranynberg. Rientra a Parma e ne è lasciato al governo da Obizzo d’Este.

Con l’aiuto di Giberto di San Vitale e di Bernardino da Cavriago doma in Parma una rivolta suscitata dai Rossi e dai ghibellini locali: molti dei rivoltosi sono impiccati, altri decapitati, molte donne sono bruciate vive perché si sono unite con i congiurati e si sono prese il carico di incendiare alcuni punti della città.

Esce da Parma e si indirizza su Noceto, caduta nelle mani dei viscontei; fronteggia gli avversari capitanati da Filippino Gonzaga fermi a Collecchio. Si accampa agli orti delle Cistelle ed a San Michele de’ Gatti: è sfidato a battaglia campale. I milanesi preferiscono ripiegare;  sono battuti in alcune scaramucce dagli estensi.

Cattura 60 uomini a San Quirico; si fortifica a Sesso. Si sposta a Colorno e vi costruisce una bastia, rientra a Modena senza avere ottenuto alcun risultato di rilievo.

Alla morte di Obizzo d’Este chiede licenza e si allontana da Ferrara; si reca a Copparo con i suoi famigliari e da qui si dirige ad Adria e Chioggia provocando la reazione del nuovo marchese di Ferrara Aldobrandino d’Este. Quest’ultimo, per persuaderlo a rientrare, gli invia come ambasciatori  Galeazzo dei Medici e Francesco Brunelleschi.

La moglie, rimasta a Copparo, ordisce una congiura con Gerardo Marazzi per impadronirsi di Bondeno e della Porta di San Biagio a Ferrara: tutti i partecipanti del complotto sono scoperti e giustiziati sul Po da Bonifacio Ariosto, zio paterno di Aldobrandino. Francesco d’Este fugge a Padova ove trova assistenza dai carraresi.

Con l’aiuto dei Malatesta e dei carraresi si porta per mare al porto di Primaro; ottiene il passo da Bernardino da Polenta e giunge all’improvviso ad Argenta con 500 cavalli e 4000 fanti. Occupa Portomaggiore e scorre fino a Voghenza; vi è un intervento del cardinale Egidio Albornoz. Dopo pochi giorni si ritira per una serie di concause che vanno da una malattia di Malatesta Malatesta, al fatto che i suoi seguaci in Ferrara non si sono mossi a suo favore. Anche Galeazzo dei Medici lo segue nel suo esilio dopo avere ceduto agli scaligeri il castello di Maiero. Francesco d’Este ripara a Rimini.

Esce da Bologna e punta su Modena. Costruisce un castello al ponte di Sant’Ambrogio sul Panaro, occupa Collegara e devasta il contado fino a Nizzola e Fossalta.

Depreda il modenese ed il reggiano; assedia Reggio Emilia ed occupa i castelli di Fiorano Modenese, di Spezzano e di Guiglia. Penetra nel mantovano.

A Budrio, a Medicina ed ancora a Borgo Panigale; cerca di introdursi nottetempo in Bologna con 300 cavalli e 200 fanti. L’attacco è respinto da Giovanni Visconti da Oleggio. Francesco d’Este retrocede a Bazzano con 1500 barbute e pochi fanti e danneggia gravemente il territorio finitimo. Ritorna nel modenese e vi devasta Saliceto Buzzalino, San Marone, Baggiovara, Casinalbo, Castelnuovo; si accampa nel reggiano presso Torre del Vescovo (Cella).

Al comando di 4000 barbute tedesche e borgognone giunge a Parma per fronteggiare il nuovo capitano della lega Astorgio Markwald, vicario dell’imperatore Carlo di  Boemia, e la compagnia del conte Lando. I suoi uomini si rifiutano di combattere contro gli imperiali, loro connazionali.  Francesco d’Este è così obbligato a restarsene inattivo e rinserrato nella città.  I mercenari tedeschi sono trasferiti a Milano.

Si unisce con Lodrisio Visconti e con Pandolfo Malatesta. Alla testa di 4000 cavalli e di molti fanti si allontana da Gallarate ed assale a Castano Primo il campo trincerato degli avversari. Promette ai suoi soldati paga doppia e mese compiuto in caso di vittoria; sono superate le fortificazioni del campo;   il suo attacco viene respinto. Ripiega, assedia la località.  I suoi uomini entrano nel fossato (asciutto), attaccano uncini di ferro alle palizzate. Lo scontro si prolunga per alcune ore della mattinata. I difensori, sebbene inferiori di numero (un decimo degli aggressori), respingono il suo assalto. Francesco d’Este decide di ritirarsi; per rappresaglia fa impiccare agli alberi tutti i saccomanni scoperti fuori di Castano Primo (32). Si dirige, infine, su Magenta poiché l’esercito della lega abbandona il contado per la mancanza di un regolare flusso di rifornimenti.

Sorprende le forze dei collegati a Casorate Primo mentre stanno tentando di guadare nottetempo il Ticino per portarsi in salvo a Pavia. Il conte Lando, Astorgio di Markwald, Raimondo Lupo e Dondaccio da Piacenza sono sconfitti e fatti prigionieri.

Con la pace tra estensi e viscontei riacquista i beni che gli sono stati confiscati nel passato in quanto ribelle. Ha il permesso di ritornare a Ferrara: sceglie, invece, di stabilirsi ad Este.

Si trova nel bolognese con Andrea Pepoli; tocca la torre di Samoggia, Anzola dell’Emilia, Casalecchio di Reno. Vi costruisce una bastia nei pressi di quest’ ultima località; di seguito scorre  fin sulle porte di Bologna e toglie l’acqua al canale che alimenta gli opifici della città.

Sempre per conto del signore di Milano Bernabò Visconti attacca nuovamente in Bologna Giovanni Visconti da Oleggio al comando di 3000 cavalli, 1500 ungheri, 4000 fanti e 1000 balestrieri. Attraversa il Panaro, si accosta al passo della Ceresa ed al guado di Maio, giunge a Panzano. Supera il fosso della Muzza sulla strada che da Nonantola porta a San Giovanni in Persiceto, ottiene a patti Crevalcore. Occupa Anzola dell’ Emilia,  risale la via Emilia presso l’abbazia di Santa Maria in Strada e la vigilia di Natale si avvicina a Bologna verso Casalecchio di Reno e San Polo di Ravone.

Incominciano a scemare le sue forze in campo di fronte ai pontifici del cardinale Egidio Albornoz, nonostante che sia   raggiunto da Anichino di Baumgarten: le defezioni lo obbligano a ritirarsi a Castelfranco Emilia.

Staziona ancora a Castelfranco Emilia con Bernabò Visconti e Francesco Ordelaffi (2000 barbute); assedia il castello di Piumazzo che gli si arrende a patti; muove  su Borgo Panigale e vi fa grandi guasti, ha per trattato Monteveglio e Zappolino.

Allorché Bernabò Visconti ritorna a Milano Francesco d’Este rimane sul Reno; nel contempo Francesco Ordelaffi impegna Bologna e la Romagna guerreggiando nelle vicinanze di Lugo.

Viene sconfitto e fatto prigioniero nella battaglia di San Ruffillo dove ha il comando della retroguardia. Passa al servizio dei pontifici;  gli è concesso per dieci anni il governo di Nonantola e di Bazzano.

Agli ordini di Gian Galeazzo Visconti attacca in Asti Ottone di Brunswick con Ruggero Visconti, Ambrogio Visconti, Giovanni Acuto e Jacopo dal Verme. Battuto sul fiume Adverse, dove ha il comando dell’ avanguardia, si unisce ancora con l’Acuto ed Ambrogio Visconti (6000 cavalli) per sfidare a battaglia il conte di Savoia, il re di Maiorca ed il principe di Galilea. Lo scontro non ha luogo perché i tre capitani viscontei non si mettono d’accordo sulla scelta del terreno.

Staziona nel piacentino. Con l’aiuto dei contadini di Veggiano e di Vigoleno si impadronisce del castello di Larzano, difeso da 25 fanti borgognoni e da molti terrazzani: il castello è distrutto e tre difensori sono impiccati per i  piedi. Prosegue a depredare il piacentino;  nessuna fortezza vuole arrendersigli nonostante l’esempio precedente. Si sposta nel bresciano.

Coglie di sorpresa a Montichiari le milizie capitanate da Ottone di Brunswick e dal conte Amedeo di Savoia. Nel combattimento vi sono 700 morti;  fra i nemici sono catturati più di 500 cavalli. Giorni dopo è a sua volta sconfitto e fatto prigioniero da Giovanni Acuto a Gavardo sul fiume Chiese;  salva nell’occasione dalla cattura Gian Galeazzo Visconti. Francesco d’Este è liberato da Niccolò d’Este che paga la sua taglia.

Muore a Milano. I funerali si svolgono a Pavia nella chiesa di San Pietro in Ciel d’Oro. E’ sepolto a Milano nella chiesa di Sant’Eustorgio fuori Porta Ticinese.