Filippino Gonzaga, che pure ha concesso un salvacondotto all’andata agli estensi, tende loro un’imboscata a Rivalta. Francesco d’Este sfugge alla cattura grazie alla valida difesa fatta dai mercenari tedeschi di Guilichino di Ranynberg. Rientra a Parma e ne è lasciato al governo da Obizzo d’Este.

Con l’aiuto di Giberto di San Vitale e di Bernardino da Cavriago doma in Parma una rivolta suscitata dai Rossi e dai ghibellini locali. Molte barricate sbarrano le strade. la battaglia viene combattuta nella piazza e termina con la sconfitta dei ribelli. Molti di costoro sono impiccati, altri decapitati, molte donne vengono bruciate vive, perché si sono unite con i congiurati prendendosi l’incarico di incendiare alcuni punti della città.

Esce da Parma e si indirizza su Noceto, caduta nelle mani dei viscontei; fronteggia gli avversari, capitanati da Filippino Gonzaga, fermi a Collecchio. Si accampa agli orti delle Cistelle ed a San Michele de’ Gatti: è sfidato a battaglia campale. I milanesi preferiscono ripiegare perché temono l’arrivo a suo favore di rinforzi estensi durante il combattimento. Gli avversari  sono battuti in alcune scaramucce. Il condottiero, Frignano della Scala e Gabriotto da Canossa festeggiano l’evento. In tale occasione Frignano della Scala viene armato cavaliere.

Un connestabile tedesco ai suoi ordini, Sting, si dirige verso il campo nemico con 80 cavalli. Cade in un agguato predisposto da 300 barbute (600 cavalli). Sting si batte valorosamente, si attesta e, prima di essere catturato, riesce ad inviare un messaggio di richiesta soccorsi. Interviene con 200 cavalli Francesco d’Este. L’esito della battaglia è favorevole agli estensi: sono catturati 60 nemici, 12 dei quali cavalieri. Francesco d’Este invita a cena i prigionieri e poi li libera attraverso uno scambio nel quale rientra anche Sting. A metà ottobre le truppe dell’alleato Mastino della Scala abbandonano l’assedio di Reggio Emilia. Rimasto solo, dà alle fiamme le sue fortiificazioni e rientra a Modena. A fine mese tenta di assediare il castello di Rubiera. Deve abbandonare le operazioni, perché a causa delle forti precipitazioni cresce il livello dei fiumi vicini, il Po, il Taro, il Parma, l’Enza, il Secchia. L’esercito è costretto ad abbandonare macchine d’assedio, armi e vettovaglie per sfuggire alla furia delle acque.

Alla morte di Obizzo d’Este chiede licenza e si allontana da Ferrara; si reca a Copparo con i suoi famigliari. Da qui si dirige ad Adria e Chioggia provocando la reazione del nuovo marchese di Ferrara Aldobrandino d’Este. Quest’ultimo, per persuaderlo a rientrare, gli invia come ambasciatori  Galeazzo dei Medici e Francesco Brunelleschi. Francesco d’Este, a costoro, dichiara che sarebbe ritornato a Ferrara solo come signore.

La moglie, rimasta a Copparo, ordisce una congiura con Gerardo Marazzi per impadronirsi di Bondeno e della Porta di San Biagio a Ferrara: tutti i partecipanti del complotto sono scoperti e giustiziati sul Po da Bonifacio Ariosto, zio paterno di Aldobrandino. Francesco d’Este fugge a Padova ove trova assistenza dai carraresi; ripara subito dopo a Milano dove l’arcivescovo Giovanni Visconti gli assegna una pensione di 500 fiorini il mese.

Con l’aiuto del Malatesta e dei carraresi si porta per mare al Po di Primaro; attraversa il fiume con alcune barche; ottiene il passo da Bernardino da Polenta e giunge all’improvviso ad Argenta con 500 cavalli e 4000 fanti. Occupa Portomaggiore e scorre fino a Voghenza. Vi è un nuovo intervento del cardinale Egidio Albornoz. Dopo pochi giorni si ritira per una serie di concause che vanno dalla malattia che ha colpito Malatesta Malatesta Guastafamiglia, al fatto che i suoi seguaci in Ferrara non sono riusciti a fare insorgere la città a suo favore. Anche Galeazzo dei Medici lo segue nel suo esilio dopo avere ceduto agli scaligeri il castello di Maiero. Francesco d’Este ritorna a Rimini.

Esce da Bologna e punta su Modena. Costruisce un castello al ponte di Sant’Ambrogio sul Scoltenna (Panaro), si impossessa di Collegara e devasta il contado fino a Nizzola e Fossalta.

Continua a depredare il modenese ed il reggiano; assedia Reggio Emilia ed occupa i castelli di Fiorano Modenese, di Spezzano e di Guiglia. Penetra nel mantovano. Lascia una guarnigione al ponte di Sant’Ambrogio e si ritira in previsione dell’arrivo dell’esercito della lega antiviscontea rafforzato dalla Grande Compagnia del conte Lando.

A Budrio, a Medicina ed ancora a Borgo Panigale; cerca di introdursi nottetempo in Bologna con 300 cavalli e 200 fanti. A fine mese l’esercito si pone sotto le mura di Bologna; sono messe le scale dalla parte di Prato; vi montano 200 cavalli appiedati e molti fanti. L’assalto, portato con troppa precipitazione viene respinto. Francesco d’Este retrocede a Bazzano con 1500 barbute e pochi fanti e danneggia gravemente il territorio finitimo. Ritorna nel modenese e vi devasta Saliceto Buzzalino, San Marone, Baggiovara, Casinalbo, Castelnuovo; si accampa nel reggiano presso Torre del Vescovo (Cella). Segue il rientro in Lombardia.

Al comando di 4000 barbute tedesche e borgognone giunge a Parma per fronteggiare il nuovo capitano della lega Astorgio Markwald, vescovo di Augusta e vicario a Pisa dell’imperatore Carlo di  Boemia, e la compagnia del conte Lando. Nel piacentino i suoi uomini si rifiutano di combattere contro gli imperiali, loro connazionali.  Francesco d’Este preferisce non licenziarli per non trovarseli contro come avversari in breve tempo. Si ritira cos’ nel milanese lasciando presidi a Parma ed a Piacenza.

Si unisce con Lodrisio Visconti e con Pandolfo Malatesta. Alla testa di 4000 cavalli e di molti fanti si allontana da Gallarate ed assale a Castano Primo il campo trincerato degli avversari. Promette ai suoi soldati paga doppia e mese compiuto in caso di vittoria; sono superate le fortificazioni del campo;   il suo attacco viene respinto. Ripiega, assedia la località.  I suoi uomini entrano nel fossato (asciutto), attaccano uncini di ferro alle palizzate. Lo scontro si prolunga per alcune ore della mattinata. I difensori, sebbene inferiori di numero (un decimo degli aggressori), respingono il suo assalto. Francesco d’Este decide di ritirarsi; per rappresaglia fa impiccare agli alberi tutti i saccomanni scoperti fuori di Castano Primo (32). Si dirige, infine, su Magenta poiché l’esercito della lega abbandona il contado per la mancanza di un regolare flusso di rifornimenti.

Sorprende le forze dei collegati a Casorate Primo mentre stanno tentando di guadare nottetempo il Ticino per portarsi in salvo a Pavia. Il conte Lando, Astorgio  Markwald, Raimondo Lupo e Dondaccio da Piacenza sono sconfitti e fatti prigionieri.

Con la pace tra estensi e viscontei riacquista i beni che gli sono stati confiscati nel passato in quanto ribelle. Ha il permesso di ritornare a Ferrara: sceglie, invece, di stabilirsi ad Este.

Il signore di Milano Bernabò Visconti lo invia con Ugolino Gonzaga contro il signore di Bologna Giovanni Visconti da Oleggio. E’ in tal modo rotta la pace stipulata tra i 2 signori 18 mesi prima. Ha ai suoi ordini 3000 cavalli, 1500 ungheri, 4000 fanti e 1000 balestrieri. Ai primi del mese attraversa il Panaro, si accosta al passo della Ceresa ed al guado di Maio, giunge a Panzano. Supera il fosso della Muzza sulla strada che da Nonantola porta a San Giovanni in Persiceto; grazie a Giovanni Pepoli ottiene a patti Crevalcore. Occupa Anzola dell’ Emilia ed ha  per trattato anche Castelfranco Emilia. Risale la via Emilia presso l’abbazia di Santa Maria in Strada;  la vigilia di Natale si avvicina a Bologna verso Casalecchio di Reno e San Polo di Ravone. Toglie l’acqua al canale che alimenta gli opifici della città. I viscontei si attestano con robuste fortificazioni a Casalecchio di Reno (ne rimane alla guardia Giovanni Pepoli) ed a Crevalcore (Giacomo Pepoli).

Incominciano a scemare le sue forze in campo di fronte ai pontifici del cardinale Egidio Albornoz, nonostante che sia   raggiunto da Anichino di Baumgarten: le defezioni lo obbligano a ritirarsi a Castelfranco Emilia.

Staziona ancora a Castelfranco Emilia con Bernabò Visconti e Francesco Ordelaffi (2000 barbute); assedia il castello di Piumazzo che gli si arrende a patti; muove  su Borgo Panigale e vi fa grandi guasti, ha per trattato Monteveglio e Zappolino.

Allorché Bernabò Visconti ritorna a Milano Francesco d’Este rimane sul Reno; nel contempo Francesco Ordelaffi impegna Bologna e la Romagna guerreggiando nelle vicinanze di Lugo.

Viene sconfitto e fatto prigioniero nella battaglia di San Ruffillo dove ha il comando della retroguardia. Liberato, a settembre gli è affidato il comando delle truppe viscontee in Lombardia.

Agli ordini di Gian Galeazzo Visconti attacca in Asti Ottone di Brunswick con Ruggero Visconti, Ambrogio Visconti, Giovanni Acuto e Jacopo dal Verme. Battuto sul fiume Adverse, dove ha il comando dell’ avanguardia, si unisce ancora con l’Acuto ed Ambrogio Visconti (6000 cavalli) per sfidare a battaglia il conte di Savoia, il re di Maiorca ed il principe di Galilea. Lo scontro non ha luogo perché i tre capitani viscontei non si mettono d’accordo sulla scelta del terreno.

Staziona nel piacentino. Con l’aiuto dei contadini di Veggiano e di Vigoleno si impadronisce del castello di Larzano, difeso da 25 fanti borgognoni e da molti terrazzani: il castello è distrutto e tre difensori sono impiccati per i  piedi. Prosegue a depredare il piacentino;  nessuna fortezza vuole arrendersigli nonostante l’esempio precedente. Si sposta nel bresciano.

Sconfigge inizialmente sul fiume Chiese, a Gavardo, le truppe della lega comandate da Giovanni Acuto, Enguerrand de Coucy, Amerigo del Pommerio ed Ottone di Brunswick. Nel combattimento vi sono 700 morti; tra i nemici sono catturati 500 cavalli. Giorni dopo è colto di sorpresa dagli avversari a Montichiari. Anchino di Baumgarten e Gian Galeazzo Visconti (grazie al suo intervento) si salvano con la fuga.  Francesco d’Este è invece fatto prigioniero con Francesco da Sassuolo e Gabriotto da Canossa. Viene liberato in breve tempo grazie all’interessamento del marchese di Ferrara Niccolò d’Este che paga la sua taglia.

Muore a Milano. I funerali si svolgono a Pavia nella chiesa di San Pietro in Ciel d’Oro. E’ sepolto a Milano nella chiesa di Sant’Eustorgio fuori Porta Ticinese. Sposa Taddea da Barbiano e Caterina Visconti, figlia di Luchino.