Alla morte del papa Bonifacio VIII con lo zio Pandolfo si impadronisce di Pesaro, di Fano, di Senigallia e di Fossombrone; ottiene Jesi per trattato.

Viene nominato podestà di Firenze e capitano di guerra contro il cardinale legato Napoleone Orsini. Al comando di 3000 cavalli e di 15000 fanti il Malatesta si porta sotto il castello di Gargonza; dalla Val d’Ambra entra nell’aretino. Il cardinale Napoleone Orsini, che dispone di forze inferiori alle sue, si allontana dall’ aretino per puntare in modo diretto  su Firenze; attraversa il Casentino ed il passo della Consuma. I soldati fiorentini, a seguito di tali movimenti, ritornano in disordine indietro per difendere le loro case.

Ricopre l’incarico di podestà di Bologna per il primo semestre. Accompagna il legato pontificio, il cardinale Pelagrue nel ferrarese per affrontare i veneziani. Viene riconfermato anche per il successivo semestre.

Soccorre i fiorentini, impegnati contro le truppe dell’ imperatore Enrico di Lussemburgo, con 300 cavalli e 1500 fanti di Rimini, di Ravenna, di Faenza e di Cesena. Tafferugli e litigi sorgono tra i soldati romagnoli ed i catalani di Diego della Ratta. Ferrandino Malatesta rientra in Romagna alla morte dell’ imperatore.

Cecco e Sinibaldo Ordelaffi penetrano in Forlì con l’aiuto di Ramberto e di Guglielmo Malatesta da Sogliano e di Uberto Malatesta, conte di Ghiaggiolo. Ferrandino Malatesta tenta inizialmente di resistere loro. Alla notizia che il vicario pontificio Gilberto di Santilla è stato respinto dagli avversari sulle porte della città  si allontana in segreto dalla località.

I ghibellini con l’aiuto degli Ordelaffi occupano Fermignano e la Tomba di Trezzano nonostante gli aiuti  forniti a Ferrandino Malatesta dai bolognesi.

Ottiene Fermignano mediante l’esborso di 1300 lire bolognesi. Aiuta i da Polenta, espugna e dà alle fiamme il castello di Sarsina. Riacquista Fano con Berardo da Varano: il signore della città Cesarello del Cassero è decapitato.

Entra in Fano con Pandolfo Malatesta. Ne diviene temporaneamente podestà a seguito dell’arresto e della successiva decapitazione di Cesanello del Cassero, che aveva occupato la città sottraendola al controllo dei pontifici. A fine mese rientra al governo di Cesena e sventa il tentativo dei ghibellini Claudello Alticlini e Stefano Donoli.

Sconfigge Federico da Montefeltro nei pressi di Urbino. Irrompe nella città con Pandolfo Malatesta; il rivale è ucciso con il figlio Guido dalla popolazione sobillata dai guelfi locali.

Affronta nel maceratese i ghibellini capitanati da Speranza e da Nolfo da Montefeltro. Con Pandolfo e Ramberto Malatesta invita ad un convito, che si svolge a Ciola Araldi, Uberto Malatesta, del quale è venuto a conoscenza che sta organizzando una congiura ai danni dei congiunti. Costui è ammazzato da tre bastardi di casa Malatesta;  il cadavere è abbandonato a Mercato Saraceno chiuso in un sacco.

Alla testa di 800 cavalli e 4000 fanti è gravemente sconfitto dai ghibellini a Castelcavallino: deve ripiegare dall’ urbinate. Nello scontro sono uccisi tra i suoi uomini 100 soldati ed altri 600 (tra i quali 130 cavalli) sono catturati.

E’ nominato capitano della taglia guelfa per sei mesi;  dirige le operazioni contro il vescovo di Arezzo Guido Tarlati e Città di Castello.

Cavalca a Castiglion Fiorentino in cui è organizzato un trattato a suo favore: alla sua scoperta  il Malatesta si ritira nel territorio di Cortona dopo avere dato alle fiamme le campagne circostanti ed avere devastato anche la pieve di Retina. I perugini usano tutta la loro influenza nei suoi confronti:  il condottiero è costretto a restituire le prede ed i prigionieri catturati in tale contado.

Balacuccio e Fideghino Balacchi assalgono nottetempo il castello di Santarcangelo di Romagna; si impadroniscono  della rocca, imprigionano i Tavelli e si dichiarano signori della località. Gli altri abitanti sono tutti uccisi. Interviene Ferrandino Malatesta che si pone all’assedio del castello con l’ausilio dei cesenati.

Il cugino Ramberto ordisce una congiura contro tutti i suoi famigliari: Ferrandino viene invitato a pranzo con i figli Malatestino Novello e Ferrandino Novello; al banchetto è pure presente il cugino Galeotto. A tavola Ramberto finge un’epistassi, entra in una camera da letto, prende le armi e torna accompagnato con 100 soldati: fatti prigionieri gli ospiti, Ramberto scende nella piazza e si impossessa della signoria di Rimini. La tiene per tre giorni: interviene nella città con numerosi armati Malatesta Malatesta Guastafamiglia  che, dopo un breve scontro, costringe Ramberto a fuggire per la Porta di San Pietro (San Giuliano) ed a rifugiarsi nel castello di Santarcangelo di Romagna. Ferrandino Malatesta è liberato dagli abitanti del borgo di San Giuliano: assedia il congiunto a Ciola Araldi e fa costruire alcuni battifolli a Roncofreddo ed a Monleone.

Con Tano da Jesi sconfigge gli abitanti di Fabriano. Subito dopo tenta di recuperare Rocca Contrada (Arcevia) a favore della  fazione guelfa. Negli stessi giorni il figlio Malatestino uccide nel castello di Poggio Berni, con un colpo di spada, Ramberto Malatesta.

Il cardinale Bertrando del Poggetto, legato di Lombardia, di Romagna e della marca d’ Ancona gli ingiunge da Bologna di consegnare ai pontifici Rimini ed il relativo contado (Mondaino, San Giovanni in Galilea, Roncofreddo e Monteleone). Accetta l’imposizione inizialmente; in un secondo momento si ribella fiducioso nel soccorso dei cugini.

Non avenro ricevuto soccorsi da parte  del cugino Malatesta Malatesta Guastafamiglia, Ferrandino Malatesta ripara a Roncofreddo con i figli Ferrandino Novello e Guido e 5 famigliari. Si reca a Bologna, ove chiede di essere perdonato: è costretto a rinunciare a tutti i castelli da lui ancora detenuti.

Si rifugia a Ferrara, a Venezia ed a Portobuffolè presso il genero Biachino da Camino. Vi si ferma cinque mesi nell’ attesa che la situazione si chiarisca. I figli Malatestino Novello e Ferrandino Novello non accedono alle richieste del legato, si arroccano in Mondaino e si dispongono alla difesa con l’ausilio di milizie ghibelline inviate da Perugia, da Fermo, da Arezzo, da Fabriano e da Urbino.

Il cardinale del Poggetto è sconfitto a Ferrara dalla lega antipontificia; il Malatesta lascia allora San Giovanni in Galilea, si riconcilia a Scorticata con il cugino Galeotto e, con i rinforzi inviatigli dagli aretini (400 cavalli) devasta le campagne di Rimini fino alle porte della città.

Si impossessa di Mondaino; il cugino Guastafamiglia torna, invece, a Pesaro. Il legato gli invia contro da Bologna 600 cavalli e 1000 fanti: i Malatesta muovono da Santarcangelo di Romagna, superano il Marecchia con 1500 fanti, 160 cavalli e molti fuoriusciti ed attaccano a Rimini la Porta di Sant’Andrea. Un partigiano di Ferrandino, il Boscola, le cui case si trovano vicino alle mura, fa entrare per una finestra 400 fanti di Galeotto Malatesta i quali si impadroniscono del trebbio, rompono le catene della porta e facilitano l’ingresso del resto dell’ esercito. Tutti i pontifici sono catturati e spogliati delle armi.

Si trova al campo di Paderno presso Sarsina; chiamato a Rimini, vi è catturato a tradimento con il figlio Guido da Galeotto e Malatesta Guastafamiglia. Viene incarcerato a Gradara. All’ arresto sfugge solo il figlio Ferrandino Novello rimasto a Paderno.

Ferrandino Novello occupa Mondaino ed altri castelli; il figlio,  con il soccorso del signore di Urbino Nolfo da Montefeltro, conduce una lunga guerra. Ferrandino Malatesta sarà liberato dai congiunti in propizie circostanze solo sulla fine del gennaio 1336.

Guerreggia contro i cugini Malatesta Guastafamiglia e Galeotto, divenuti signori di Rimini. I perugini gli inviano 400 cavalli;  con tali truppe assale il riminese.

Occupa Montescudo; è attaccato in questo castello da 700 cavalli fiorentini di Ugo Scali,  assoldato da Malatesta Malatesta Guastafamiglia. Costoro investono Montescudo e lo obbligano a ripiegare su Urbino.

Firma una tregua con il Guastafamiglia su mediazione di Ostasio da Polenta e del signore di Fermo Mercenario da Monteverde. Rimane signore di Mondaino,  Verucchio e  Serravalle. Si reca a Portobuffolè dal genero Biachino da Camino.

Aiuta il genero Ubertino da Carrara;  viene a sua volta assistito dal signore di Padova allorché riprende il conflitto con i congiunti. Il marchese di Ferrara Obizzo d’Este, il signore di Bologna Taddeo Pepoli ed Ubertino da Carrara gli inviano nuove milizie (per i carraresi 500 cavalli agli ordini di Giovanni di Santa Croce).

Ferrandino Malatesta minaccia Rimini, si impadronisce di Mondaino, di Verucchio e del castello di San Martino. Obizzo d’Este fa da paciere tra i contendenti.

Viene attaccato nuovamente da Malatesta Malatesta Guastafamiglia e dalla Grande Compagnia di Guarnieri di Urslingen. E’ costretto a  rinchiudersi in Verucchio. Si deve arrendere;  cede la rocca al vicario pontificio di Romagna Filippo dell’Antella che la occupa a nome dello stato della Chiesa.