Al termine del conflitto viene riconosciuto come raccomandato di Perugia; deve restituire a Neri della Faggiuola alcuni castelli dell’alta Valle del Metauro, vicini a Mercatello sul Metauro, tra cui quelli di Castel della Pieve e di San Martino.

Il cardinale Egidio Albornoz lo chiama a dirimere le vertenze che dividono da un lato  Città di Castello e dall’altro gli Ubaldini ed i marchesi di Santa Maria. Branchino Brancaleoni emana il suo lodo ai primi del mese  nella cattedrale di Città di Castello. I castelli di Apecchio, Montefiore, Bacciochito e della Ripa appartengono al comune umbro. Tuttavia per la durata di 5 anni saranno affidati agli Ubaldini. Per lo stesso periodo gli Ubaldini non possono avvicinarsi a Città di Castello a meno di un miglio. Il comune, infine, deve riconoscere per 5 anni (pagamento a rate) il pagamento di 400 fiorini ai membri di tale famiglia tra i quali è compreso anche Gisello degli Ubaldini. In Città di Castello sono eletti 6 priori del popolo, 4 di parte guelfa e 2 di parte ghibellina.

Gli è riconosciuta dal cardinale Albornoz la signoria di Urbania e di Sant’Angelo in Vado.  Al figlio Niccolò Filippo è, invece, concesso il governo della Massa Trabaria.

E’ assalito per volontà del nuovo legato pontificio, il cardinale Albornoz, dai pontifici guidati da Nolfo da Montefeltro. Scontri avvengono nel tratto di pianura tra San Giorgio ed Urbania. A maggio si rappacifica con il signore di Urbino. La pace è suggellata dalle nozze di una nipote del Montefeltro con il figlio Gentile e di una nipote di Galasso da Montefeltro con il figlio Pierfrancesco (in dote Montelupone).

Si fa garante verso Siena dell’ osservanza dei patti stipulati con il comune dal conte Niccolò da Montefeltro che comanda la “Compagnia del Cappelletto”.

Agevola nei suoi possedimenti le soldatesche di Ambrogio Visconti che stanno molestando le terre dello stato della Chiesa. Questo fatto, unito ai buoni rapporti che intrattiene con i Montefeltro, inducono il cardinale Albornoz a chiedergli la consegna di alcuni castelli che controllano la Valle del Metauro e l’alta Valle Tiberina. Si reca ad Ancona con un figlio e vi è trattenuto prigioniero. Il figlio Niccolò Filippo viene attaccato dalle milizie pontificie.

Branchino Brancaleoni è condotto a Bologna dove rimane come ostaggio con il figlio Pierfrancesco. Un altro figlio, Gentile, è confinato a Verona.

Coadiuva i della Faggiuola contro  i Malatesta. Occupa Mercatello sul Metauro, Urbania, Sant’Angelo in Vado e respinge le milizie inviate ai suoi danni da Galeotto Malatesta.

Approfitta dei disordini che sconvolgono lo stato della Chiesa per accostarsi  nottetempo a Mercatello sul Metauro con molti fanti. Scaccia dalla località Francesco e Niccolò della Faggiuola che se ne sono impadroniti.