Si trova a Roma con il padre Giano alla notizia della rivolta di Genova contro i francesi. Il papa Giulio II proibisce ai due Fregoso di lasciare la città per recarsi in Liguria.

Giunge a Ventimiglia dove organizza una congiura per uccidere il governatore francese di Genova e chiamare il popolo alle armi. Scoperto per la delazione di un congiurato, si salva con la fuga a Rossiglione; catturato, è rinchiuso nel Castello Sforzesco di Milano.

Il Consiglio dei Savi gli concede una condotta di 50 uomini d’arme che hanno già militato agli ordini del padre Giano, divenuto nel frattempo doge di Genova.

A Venezia; il giorno di Pasqua si trova in San Marco alla solenne cerimonia in cui sono consegnati a Bartolomeo d’Alviano il bastone e lo stendardo di capitano generale.

Esce da Padova inquadrato nella retroguardia: partecipa alla battaglia di Creazzo;   viene catturato dagli spagnoli. Liberato, ritorna alla difesa di Padova;  presidia con le lance scampate alla rotta (18) il tratto di mura tra il Portello e Porciglia.

A Venezia, per richiedere il saldo delle paghe arretrate, sue e di 7 dei suoi uomini d’arme, licenziati negli stessi giorni per limiti di età. Il doge Andrea Gritti lo rassicura in merito.

Viene licenziato perché il fratello Cesare ha abbandonato le file dei veneziani per unirsi a Mirandola con Guido Rangoni e combattere gli imperiali per conto dei francesi.

E’ espulso da Padova dal Consiglio dei Dieci e gli è tolta ogni provvigione: è stata, infatti, scoperta una rete spionistica organizzata a Venezia dal fratello Cesare a favore dei francesi.